直接下载:点击 Download --> Cart 官方下载器下载: 首先,下载官方下载器:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool;往下拉,找到下载位置,直接下载即可 下载后,我的放置位置如下图,这个很重要 其次,回到TCGA购物车页面,下载目录文件,这个可以直接下载的,然后也要记住放置位置 最后,打开cmd,使用...
登陆TCGA数据库GDC界面:https://portal.gdc.cancer.gov/ TCGA GDC界面 首先确保Cart中没有之前的文件记录,如果有其他文件(即文件数不为0),清空Cart。 核对Cart已清空 如果Cart文件数不为0,则点击进入Cart界面进行清空。 清空Cart 2. 选择样本类型及性质: ...
1. 登陆TCGA网站 https://portal.gdc.cancer.gov 2. 点击repository 3. File和Case分别选择如下 4. Add all files to cart 5. 分别下载箭头处的文件 image.png Manifest 解释文件 cart 基因文件 BioSpecimen 解释生物多样性的文件 Metadata 样本对应的文件 TCGA的ID对应 ...
按照NCI官网布局,TCGA应该属于Research Area里的Cancer genomics research,如下图: 在这个页面果然找到了TCGA的蓝色超链接,如下图: 点进这个超链接之后,就看见我们熟悉的界面(即从浏览器搜索TCGA进入的官网界面)。同学们不要疑惑为什么进来不是一个数据库的样式,不要怀疑!我们进入的是对的网站!接下来再带大家深入了...
TCGA数据库即肿瘤基因组图谱计划,由美国国家癌症研究所(NCI)和国家人类基因组研究所(NHGRI)合作建立,通过收集整理多种癌症相关的各种组学数据,提供了一个大型的癌症研究参考数据库,包括:Clinical、mRNA、microRNA、CopyNumber、Mutation、Protein、Methylation与Proteome等。
再往下翻就是TCGA数据库了,这里需要注意的是TCGA cancers selected for study这个模块。前面在NCI的研究中,cancer type模块有列出超过100种癌症类型,而TCGA这个project只选取了差预后、人数比例等综合因素选出的33种癌症做了基因组测序,并发布了33例癌症相关的文章。有兴趣的同学可以看看相关文章。
下载TCGA数据时,可以采用多种方式进行下载,有使用R 相关的packags进行下载,最新的数据最好是从TCGA官网进行下载。 1.使用官网网页进行下载 如果需要下载的数据量不大,可以直接在官网进行下载 1.1 选定所需要下载的数据 image.png 根据需要分析的数据,选定数据后,在右方加入购物车 ...
https://www.jianshu.com/p/3b4c07f7e5f3 或者另一个包,官方网址如下,但是缺点是这种方法只能整理出Count格式的数据 https://bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/GDCRNATools/inst/doc/GDCRNATools.html
按照NCI官网布局,TCGA应该属于Research Area里的Cancer genomics research,如下图: 在这个页面果然找到了TCGA的蓝色超链接,如下图: 点进这个超链接之后,就看见我们熟悉的界面(即从浏览器搜索TCGA进入的官网界面)。同学们不要疑惑为什么进来不是一个数据库的样式,不要怀疑!我们进入的是对的网站!接下来再带大家深入...
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