在进行基因组数据分析时,常常要用到基因组CDS和蛋白文件,有时候注释或下载的基因组没有蛋白文件,需提取并转换,用gffread提取时容易出问题,可能造成移码等,因此使用TBtools进行提取并转换。 Step1. 根据注释文件提取cds文件 得到的cds文件如下: step2. 将cds序列转换为蛋白序列 得到的protein文件如下: 仅供自己方便查阅...
用tbtools从全基因组提出cds序列为什么是空白的 只看楼主收藏回复 hameceeeiiiood 初级粉丝 1 送TA礼物 1楼2023-05-14 07:49回复 登录百度帐号 下次自动登录 忘记密码? 扫二维码下载贴吧客户端 下载贴吧APP看高清直播、视频! 贴吧页面意见反馈 违规贴吧举报反馈通道 贴吧违规信息处理公示0...
格式和内容没错的话，ID和进化树的ID是对应的么。。。
基因功能注释需要蛋白文件,有时候注释或下载的基因组没有蛋白文件,需提取并转换,据师兄师弟说gffread提取结果有问题,可能造成移码等,因此使用TBtools进行提取并转换。 Step1. 根据注释文件提取cds文件 图源:TBtools GUI 工具使用说明手册-20180905 得到的cds文件如下: step2. 将cds序列转换为蛋白序列 使用Sequence Toolkit...