只要有基因组序列文件,可以使用 TBtools 的 Fasta Stat 直接生成一个。如下 于是可以得到 特征标记的染色体位置 这个文件,得靠大家自己准备了。比如可以是某个基因家族的成员,或差异表达基因分布,更或者分支标记等信息。此处,我们使用 sRNAanno 数据库上 水稻 的 PHAS 注释信息,进行可视化。直接在 /PHAS21list.jsp?
只要有基因组序列文件,可以使用 TBtools 的 Fasta Stat 直接生成一个。如下 于是可以得到 特征标记的染色体位置 这个文件,得靠大家自己准备了。比如可以是某个基因家族的成员,或差异表达基因分布,更或者分支标记等信息。此处,我们使用 sRNAanno 数据库上 水稻 的 PHAS 注释信息,进行可视化。直接在 http://plantsrna....
只要有基因组序列文件,可以使用 TBtools 的 Fasta Stat 直接生成一个。如下 于是可以得到 特征标记的染色体位置 这个文件,得靠大家自己准备了。比如可以是某个基因家族的成员,或差异表达基因分布,更或者分支标记等信息。此处,我们使用 sRNAanno 数据库上 水稻 的 PHAS 注释信息,进行可视化。直接在 http:///PHAS21lis...
首先,使用 OneStep 功能分析基因 2)需要准备的数据文件 物种1 -*基因组*序列文件(这里注意,是基因组文件,就是Chr1,blabla,Chr2,blabla这样的文件,.fa) + 基因结构注释信息文件(.gff) 物种2 -*基因组*序列文件 (.fa)+ 基因结构注释信息文件(.gff) 这里我们先针对Chr1和Chr2两条染色体进行分析,打开One Ste...
直接在 IGV 中可视化结果看看 为此,我决定增加一个功能,让其不要拓展延伸,只做 Overlap 打开后如下 简化 重新回到 IGV 查看,只能说,确实如此...他就是 Overlap 了两个基因 感觉人类基因组的注释太奇怪了 不过似乎可以尝试筛选一个 flag,比如 hgnc
这两三天,主要是优化了 TBtools 的一些可视化功能。其中包括 JIGplot 的增强。有一定的效果。改动很多,也有不少新的思路和实现,但能用文字写出来,或者写出来大伙乐意看的东西似乎不多。想来想去,那么还是有一个可以写写。 全基因组水平展示基因标签
Expression Calculator(RPKM/FPKM/TPM)***2~6组可交互韦恩图绘制**,Wonderful Venn(Up to Six Sets)***基于序列在染色体上展示基因位置**,Map Genes OnGenome From Sequence Files***基于坐标在染色体上展示基因位置**,Map Genes OnGenome From Position Info Files***基因组共线性分析结果可视化**,Dual ...
这两三天,主要是优化了 TBtools 的一些可视化功能。其中包括 JIGplot 的增强。有一定的效果。改动很多,也有不少新的思路和实现,但能用文字写出来,或者写出来大伙乐意看的东西似乎不多。想来想去,那么还是有一个可以写写。 全基因组水平展示基因标签
这两三天,主要是优化了 TBtools 的一些可视化功能。其中包括 JIGplot 的增强。有一定的效果。改动很多,也有不少新的思路和实现,但能用文字写出来,或者写出来大伙乐意看的东西似乎不多。想来想去,那么还是有一个可以写写。 全基因组水平展示基因标签
全基因组层面可视化特征标记(如基因位点),从文字标签到图形标签。文字标签应该是三四年前实现的。图形标签,Emmm,事实上,这个功能已经实现了太久,以至于我自己只记得可以实现,而不记得如何使用。考虑到昨天推出这个功能后,不少朋友还是挺感兴趣,于是想了一下,那就干脆写一个教程贴。大体介绍下,这个功能到底咋用。