TBtools中 Gene Structure View (Advanced), 共输入4个文件,从上到下,第一个进化树的.nwk格式文件,第二个MEME结果文件.xml格式,第三个基因组注释文件。gff格式,第四个Batch-CDD结果文件(这个需要手动修改,第一列基因名,第二列,起始位置,第三列终止位置,第四列蛋白质结构域)。 这样基因家族进行分析,进化树、...
TBtools中 Gene Structure View (Advanced), 共输入4个文件,从上到下,第一个进化树的.nwk格式文件,第二个MEME结果文件.xml格式,第三个基因组注释文件。gff格式,第四个Batch-CDD结果文件(这个需要手动修改,第一列基因名,第二列,起始位置,第三列终止位置,第四列蛋白质结构域)。 640.png 640.png 这样基因家族...
所以 TBtools 最初直接提供了两个输入区域,用户只需要考虑具体蛋白坐标或者mRNA坐标就可以可视化序列特征到基因组(基因结构-外显子-内含子)坐标上。此处先看看基因结构域信息。稍微整理了一下之前的 NCBI CDD 预测结果,整理格式大概是, 随后即可用于可视化, 当然,要从成员亲缘关系来分析,还是得给进化树 在基因结构上...
进化树 + Motifs + 结构域 + 启动子 + 基因结构 + ...,TBtools开发者本人的教程 TBtools | 基因家族分析 (进化树、Motifs、结构域) 「或是本篇教程」 MEME网址结果可以给我们的seqlogo信息和motif信息。 「Seqlogo」 结果文件中就有seqlogo文件信息。 也可以自己的下载后绘制。 按以下操作即可下载序列。 也可...
2.2 提取目的基因序列 日志:通过Hmmsearch获得同源基因的ID,那么后面对目的同源基因进行进化树、结构域、motif等的分析,这些分析都需使用目的同源基因的序列。 如何获得同源基因序列?? 使用脚本获得 使用ggffead获得,需要获得同源基因的.gtf文件等信息。 生信工具获得、如TBtools等。
最后，基因家族的进化分析通过MEGA构建进化树，输入目标物种P450基因家族的蛋白质序列，进行多序列比对，然后使用最大似然法构建进化树。所有结果在TBtools中展示，包括进化树、Motifs、结构域和基因结构的综合视图。总之，TBtools提供了一个全面的基因家族分析平台，从数据准备到结果展示，简化了复杂分析流程，...
首先，TBtools 的“Gene Structure View (Advanced)”功能，让用户可以自由地选择显示基因结构中的某一部分，如进化树、启动子、基因结构、启动子信息以及结构域信息等，为用户提供灵活的展示方式。在可视化 MEME/MAST XML 结果方面，用户可以将蛋白序列提交至 MEME Suite 网站或使用 TBtools 的 GUI Wrapper...
TBtools 基本涵盖了基因家族分析所常见的所有分析与可视化功能,其中最为独特的 莫过于Gene Structure View (Advanced) 几乎覆盖了基因motifs,exon-intron结构,保守结构域的所有可视化需求。 但是,在实际数据分析过程中,往往还可能存在另外的问题。 左图为Motifs,右图为保守结构域,那么问题来了。
基于domain分析成员结构域的保守型与可视化(往往已知) 基因结构分析(包括内含子模式) 基因染色体分布情况可视化 新建个文件夹命名基础分析 1 打开下列网址http://web.expasy.org/compute_pi/ 用tbtools转换格式 image.png 复制第二列序列数据到一个新文本文档onlyseq.txt,并把所有*删除 ...
当然,要从成员亲缘关系来分析,还是得给进化树 在基因结构上可视化转录本序列特征信息 蛋白序列特征,如保守结构域信息当然是大家都在关注的。也有一些情况,序列特征体现在转录本序列上,体现在核酸水平,比如小RNA(如miRNA)的靶位点。对于这类信息,只需要简单整理成类似文件,如下 ...