近日,上海辰山植物园/中国科学院上海辰山植物科学研究中心赵清课题组在《Horticulture Research》上发表题为“Gap-free genome assembly and CYP450 gene family analysis reveal the biosynthesis of anthocyanins in Scutellaria baicalensis”的研究论文。该研究成功获得唇形科传统药用植物黄芩(Scutellaria baicalensis Georgi...
本文通过组装异源四倍体辣根的T2T gap-free基因组,结合转录组和代谢组学内容,讨论了辣根中HRPs和GSLs相关基因家族的进化历程,解析了关键性状形成的遗传基础,为辣根的育种和遗传改良提供了遗传资源。 基因组
1、 端粒到端粒gap-free的参考基因组——PN_T2T PN40024是一种高度纯合的黑比诺品种,使用PacBio平台测序,总共生成了21 Gb(~42×)HiFi数据。使用Hifiasm进行基因组组装,用已发表的葡萄基因组作为参考,用Mummer将38个contigs排列为19条染色体(图1),初步组装后只剩下一个gap。再用HiFi reads填补gap,最终生成了一...
PacBio HiFi测序获得20.62G(~55.9×)数据,ONT ultra-long建库测序获得 21.08G(~57.1×)数据,使用Hifiasm对PacBio HiFi reads进行组装,利用NextDenovo组装ONT数据,然后用gap-free的ONT基因组来填补HiFi组装基因组的gap区域。组装结果命名为G42pku,包含11条染色体,总长度为369 Mb,鉴定到22个端粒和11个着丝粒,完成西...
参考文献【1】Nurk S, Koren S, Rhie A, et al. The complete sequence of a human genome. Science. 2022;376(6588):44-53. doi:10.1126/science.abj6987【2】Song JM, Xie WZ, Wang S, et al. Two gap-free reference genomes and a global view of the centromere architecture in rice. Mol...
T2T基因组(Telomere-to-Telomere)基因组是通过多种测序平台、高深度测序,组装获得的gap-free或近gap-free高质量基因组。随着测序技术和生物信息分析的发展与进步,越来越多的物种基因组被不断的解析和发表,现有常用策略组装的动植物基因组通常都会有存在gaps;着丝粒、端粒区域组装不完整;高杂合、高重复区域组装错误或不...
2023年11月,Horticulture Research上线了(Advance Access)上海辰山植物园题为Gap-free genome assembly and CYP450 gene family analysis reveal the biosynthesis of anthocyanins in Scutellaria baicalensis的研究论文。 图1. 黄芩T2T gap-free基因组 花色是...
【7】Li B, Yang Q, Yang L, et al. A gap-free reference genome reveals structural variations associated with flowering time in rapeseed (Brassica napus). Hortic Res. 2023;10(10):uhad171. Published 2023 Aug 29. doi:10.1093/hr/uhad171 ...
本研究以二倍体‘骏枣’(JZ)和陕西著名“秦药”清涧酸枣(SZ)为研究材料,整合PacBio HiFi、ONT ultra-long和Hi-C等多种先进测序技术以及多种组装策略完成了枣和酸枣T2T gap-free和T2T gap-free单倍型基因组的组装。‘骏枣’和酸枣T2T...
T2T基因组通过多种测序平台,高深度测序,组装得到的gap-free或者是接近gap-free的高质量基因组【三代测序技术的发展,特别是高连续性的ONT ultra-long和高准确度的Pacbio HiFi测序的强强联合,克服了着丝粒或高重复区域的组装困难问题。(有研究表明,在新细胞中,细胞每分裂一次,位于染色体顶端的端粒就会缩短一次,当他...