将黄芩gap-free基因组与旧版基因组进行共线性比对发现,gap-free基因组中预测的端粒和着丝粒区域与旧版基因组无共线性关系(图2A),且存在较多的结构倒位、转置和复制,表明黄芩新版基因组较旧版有较大的质量提升。在这些结构变异中,重复变异占比例最高,达到了89%,主要集中在端粒和着丝粒区域;其次是缺失变异和...
本文通过组装异源四倍体辣根的T2T gap-free基因组,结合转录组和代谢组学内容,讨论了辣根中HRPs和GSLs相关基因家族的进化历程,解析了关键性状形成的遗传基础,为辣根的育种和遗传改良提供了遗传资源。 基因组
2023年10月《Horticulture Research》杂志发表了首个野生蓝莓-云南越桔的T2T gapfree基因组,研究结果以题为“The Telomere-to-telomere gap-free reference genome of wild blueberry (Vaccinium duclouxii) provides its high soluble sugar and anthocyanin accumulation”发表。云南农业科学院和加卫研究员,华中农业大学王...
该项研究以沣油737及丰油730杂交种的母本(X5A)为材料,整合PacBio HiFi(64.75×),ONT超长测序(64.26×)和Hi-C (129.04×)技术对油菜基因组进行组装,成功组装了第一个gap-free的油菜基因组(X5A)。该基因组大小为 1,004.95Mb,每条染色体均由一条完整gap-free的序列组成,包含25个端粒序列和所有19个着丝粒。N50...
T2T基因组(Telomere-to-Telomere)基因组是通过多种测序平台、高深度测序,组装获得的gap-free或近gap-free高质量基因组。随着测序技术和生物信息分析的发展与进步,越来越多的物种基因组被不断的解析和发表,现有常用策略组装的动植物基因组通常都会有存在gaps;着丝粒、端粒区域组装不完整;高杂合、高重复区域组装错误或不...
【7】Li B, Yang Q, Yang L, et al. A gap-free reference genome reveals structural variations associated with flowering time in rapeseed (Brassica napus). Hortic Res. 2023;10(10):uhad171. Published 2023 Aug 29. doi:10.1093/hr/uhad171 ...
2023年11月,Horticulture Research上线了(Advance Access)上海辰山植物园题为Gap-free genome assembly and CYP450 gene family analysis reveal the biosynthesis of anthocyanins in Scutellaria baicalensis的研究论文。 图1. 黄芩T2T gap-free基因组 花色是...
该基因组总长度达到1,197,991,206 bp,包括38条常染色体和一对Z/W性染色体,其中33条常染色体实现了gap-free组装;注释到34,898个基因,包括436,162个RNA转录本,涵盖806,158个外显子、743,910个内含子、651,148个编码序列(CDS)和135,622个非翻译区(...
近日,北京大学现代农业研究院、潍坊现代农业山东省实验室张兴平团队和何航团队合作在Molecular Plant杂志在线发表了题为“A telomere-to-telomere gap-free reference genome of watermelon and its mutation library provide important resources for gene discovery and breeding”的研究论文,报道了小果型西瓜自交系G42 (...
水稻T2T基因组是通过多种测序平台,高深度测序,组装得到的gap-free或者是接近gap-free的高质量基因组。T2T基因组克服了着丝粒或高重复区域的组装困难的问题,使得染色体的连续性和完整性大大提高。 二、水稻T2T基因组的意义是什么? 水稻T2T基因组的意义...