这竟然是用flowjo画出来的,岂不是能够和单细胞图谱很好地结合互为验证~ tSNE - FlowJo Documentation: https://docs.flowjo.com/flowjo/advanced-features/dimensionality-reduction/tsne/) FlowJo多通道tSNE降维流式分析图 - https://www.bilibili.com/opus/732115658681090169) 以小鼠骨髓为例,就能得到: 图中只...
本期跟大家讨论下FlowJo大数据的可视化降维处理涉及的3种不同插件t-SNE,UMAP和TriMAP的简要原理和特色对比。 一、可视化降维处理分析的目的——可加速复杂数据直观展现 随着仪器和科学技术手段的自动化和高通量的进步,生物科学领域的数据收集和获取已经不再是难事。而流式细胞仪的多色实验,记录了成百上千万的细胞中...
FlowJo之 t-SNE:流式数据高质量输出的“小机灵鬼儿” 小优博士在流式课堂,有一期的主题是:Flowjo中高级数据分析,直播讲解期间,小伙伴们询问最多的问题是: 我这个版本的flowjo为何某些功能缺少? 小编有话说:目前我们使用的FlowJo软件是V10.6最新版,且是有授权序列号的。至于最新版和破解版有多大区别呢? t-S...
随着生物科学领域的进步，数据收集与获取简化，流式细胞仪记录了细胞中多种蛋白表达数据，数据点关系复杂。因此，对数据进行降维处理，利用图表可视化，成为必要之举。目的在保持数据完整性，降低计算复杂度，直观呈现数据。FlowJo软件提供多种降维方法，适应不同需求。t-SNE算法，从SNE衍生，适用于高维数据降...
培训软件:FlowJo流式数据分析软件培训内容:FlowJo流式数据分析软件常用插件安装及大数据分析t-SNE等。培训时间:2020年9月25日(周五)9:00-11:00培训地点:线上培训-腾讯会议联系电话:13021308670 季姣姣18801155582 焦鹏程 报名方式:访问链接:http:...
大数据降维分析T-sne结果怎么看?怎么用?, 视频播放量 3787、弹幕量 1、点赞数 48、投硬币枚数 10、收藏人数 51、转发人数 15, 视频作者 半瓶流式小美腻, 作者简介 长期无限分享流式知识技能,相关视频:流式结果分析时所谓的圈门是什么?,CBA实验常见问题FAQ,Flowjo分析
言归正传,如何使用flowjo完成数据的降维分析呢?其实非常非常简单,flowjo支持我们对当前的流式数据进行全自动的降维分析,即T-sne。T-Distributed random Neighbor embedded (tSNE)是一种降维算法,它允许在保持数据结构的同时,在更小的维数下实现复杂多维数据的可视化。
在FlowJo上通过手动设门圈出各类细胞之后,再叠加到t-SNE图上。 演示操作如下面的动图(900多KB,请等待加载完成),简单地说,就是预先通过 普通逐级设门,圈好各个细胞群体之后,然后进行t-SNE降维计算,双击父级节点,默认显示t-SNE二维图,图上右键,copy to Layout Editor,把图显示在Layout Editor上,最后,把所有细...
所以我最后建议@immunology站友采用一个间接解决方案,就是: 在FlowJo上通过手动设门圈出各类细胞之后,再叠加到t-SNE图上。 演示操作如下面的动图(900多KB,请等待加载完成,录制的时候分辨率比较高,故可点击图片可放大查看原始大小): 欢迎转发到朋友圈,但谢绝复制粘贴转载 Promotions below...
言归正传,如何使用flowjo完成数据的降维分析呢?其实非常非常简单,flowjo支持我们对当前的流式数据进行全自动的降维分析,即T-sne。T-Distributed random Neighbor embedded (tSNE)是一种降维算法,它允许在保持数据结构的同时,在更小的维数下实现复杂多维数据的可视化。