【flowjo】流式笔记:流式也能画t-SNE图? 哦莫哦莫!!!这竟然是用flowjo画出来的,岂不是能够和单细胞图谱很好地结合互为验证~ tSNE - FlowJo Documentation: https://docs.flowjo.com/flowjo/advanced-features/dimensionality-reduction/tsne/) FlowJo多通道tSNE降维流式分析图 - https://www.bilibili.com/...
但是使用T-SNE降维分析等大数据分析能够将自身免疫相关B亚群的异质性、能够将不同的群体非常Easy的展示出来。 自身免疫相关B亚群的异质性 B与自身免疫易感亚群重叠 CD19+CD21lo B细胞的异质性; 换成HeatMap&旭日图表达输出 问:但是降维聚类插件那么多,我该如何选? 答:其实降维聚类没有说一定要选哪种方式,哪种...
培训内容:FlowJo流式数据分析软件常用插件安装及大数据分析t-SNE等。培训时间:2020年9月25日(周五)9:00-11:00培训地点:线上培训-腾讯会议联系电话:13021308670 季姣姣18801155582 焦鹏程 报名方式:访问链接:http://gxyqtsinghua.mikecrm.com/hG...
首先需要下载MNN插件:flowjo.com/exchange/#,然后解压文件,最后找到1.FlowJo10.10.0的plugins的文件夹;2.将解压后的.jar格式的文件放入FlowJo10.10.0的plugins的文件夹中。 师姐:重启FlowJo,在contact时加入Keywords,对数据进行补偿参数的Keywords组别的归一化,生成MNN参数,对MNN参数进行T-SNE,就可以看到实验分组的...
基于flowAI插件 https://docs.flowjo.com/flowjo/plugins-2/plugin-demonstration-videos/flowai/ 这个插件在第4步以后再多一步: 在R中运行 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 BiocManager::install("flowAI")install.packages("png") ...
数,对MNN参数进行T-SNE,就可以看到实验分组的相同细胞群降维聚类到一起,显现真正差异的群体。 上海优宁维生物科技股份有限公司向正向善向上 生命科学一站式供应商 △点击放大图片 师弟:师姐,按照你说的MNN后,PI组与NS组相同的CD4+T和CD8+T细胞群果真重叠了,可以比较出真正 ...
4. 自动聚类分析插件又快又好:V10.5 版本对 t-SNE 算法进行优化,增强了t-SNE功能的自动化和易用性。 五激光流式细胞仪分析仪主要技术参数: 355nm: A 610LP, 670LP (Hoechst Red); B 450/20 (DAPI) 405nm : A 595LP, 605/15 (BV605); B 495LP, 510/50 (BV510); C 457/50 (BV421) 48...
图3C为ClusterExplorer插件展示聚类结果。ClusterExplorer的功能主要是将算法自动聚类的结果以折线图,热图以及在tSNE上显示分布区域的方式进行展示。利用这些工具我们可以轻松的找到目标群体同时聚焦每个群体中每个marker的表达情况。 (图3C) 注: 分析工具:FlowJoV10.6软件,t-SNE降维插件,FlowSOM/Phenograph聚类插件,EmbedSOM...
7、插件中的t-SNE V10.5版本对t-SNE算法进行优化,增强了 t-SNE 功能的自动化和易用性。 tSNE 专属功能图标 无需繁琐设置 可视化进度条 结果显著,时间大幅缩短 FlowJo 可以在几乎所有的电脑操作系统上使用, 你的电脑可以是 Windows,也可以是 Mac。除了兼容性,FlowJo 还有中文版,简单易学,并且附带多种特殊分析...
FlowJo®目前有三种降维插件:* t-SNE* UMAP* TriMap分别对应三种不同的降维算法。Step05 聚类分析聚类算法能够将表达相同的细胞聚为一群。算法全盘考虑所有参数,不受圈门逻辑约束。聚类的结果和降维的结果重叠分析能够更好的反映出样本之间的群体差异同时能够更好的发现稀有群体。目前FlowJo®有FlowSOM/Phenograph...