使用:带有T-DNA插入的测序fastq文件,作为对照的没有T-DNA插入的bam文件比对参考,基因组fasta文件,TDNA fasta文件 python T-LOC.py --fastq samples_1.fq.gz,samples_2.fq.gz --genome Reference.fa --TDNA TDNA.fa --control_bamR control_s1.sam,control_s2.sam --ouput outputfolder 结果文件:Bwa_...
TAIL PCR鉴定T-DNA插入位点 T-DNA插入位点的获得对于植物功能基因组学研究及转基因植物的筛选鉴定十分重要。检测T-DNA在基因组上的插入位点,通常使用热不对称交错PCR(Thermal Asymmetric Interlaced PCR,简称TAIL-PCR),TAIL-PCR是一种用来分离与已知序列邻近的未知DNA序列的分子生物学技术 (Liu et al.,1995, Tatjana...
网址:TDNAscan: A Software to Identify Complete and Truncated T-DNA Insertions github:GitHub - BCH-RC/TDNAscan TDNAscan可以用于识别完整的和Truncated(被截短的)TDNA插入位点。A型和B型软剪切阅读用于识别正向T-DNA插入。D型和E型软剪切阅读用于鉴定反向T-DNA插入,而C型和F型不一致阅读用于鉴定插入,但不鉴...
拟南芥T-DNA插入突变体的鉴定 09生工吴超 200900140129 一、实验原理 T-DNA插入法是反向遗传学研究的重要手段。T-DNA是农杆菌的一个大质粒，长度在25kb左右。野生型农杆菌的T-DNA上带有激素合成基因，感染植物后会导致植物细胞快速增殖形成愈伤组织，失去分化能力。所以一般实验使用改造后的农杆菌——T-DNA中导入了...
T-DNA插入位点的获得对于植物功能基因组学研究及转基因植物的筛选鉴定非常重要,但是目前常用的方法如反向PCR、半随机引物PCR等,除了操作复杂、消耗时间长外,特异性较差,效率也很低。本研究利用全基因组重测序技术,将3份转基因材料基因组DNA打包后进行重测序,利用转基因载体序列作为参考序列进行比对分析,得到4个T-DNA...
由于插入的T-DNA序列是已知的,因此可以通过已知的外源基因序列,利用反向PCR、TAIL-PCR、质粒挽救等方法对突变基因进行克隆和序列分析,并对比突变的表型研究基因的功能。还可以利用扩增出的插入位点的侧翼序列,建立侧翼序列数据库,对基因进行更全面的分析。由此可见,T-DNA插入标签技术已成为发现新基因、鉴定基因功能的一...
可同时鉴定出纯和突变体并确证T-DNA的插入情况。 图1T-DNA插入示意图 CATB,即十六烷基三甲基溴化铵,是一种离子型表面活性剂。能溶解细胞 膜和核膜蛋白,使核蛋白解聚,从而使DNA得以游离出来。并且CATB可在高离 子强度的溶液里与蛋白质和大多数多聚糖形成复合物进而形成沉淀,但不沉淀 ...
Ti质粒上的T区即为T-DNA,虽然是在原核生物中产生的,但是当其整合到植物细胞核基因组后,也能进行转录和翻译。下图为用Ti质粒作为载体进行植物基因工程的部分步骤示意图。
拟南芥T-DNA插入突变 拟南芥T—DNA插入突变体的鉴定 1、反向遗传学 经典遗传学：由表及里，即通过杂交等手段观察表型性状的变化而推知遗传基因的存在与变化。表型—基因 反向遗传学：由里及表，即通过DNA重组等技术有目的地、精确定位地改造改造基因的精细结构以确定这些变化对表型性状的直接影响。基因—表型 1、...
拟南芥T-DNA插入突变教材课程.ppt,用PCR筛选出突变纯合体后,便可以利用反向遗传学的思路对纯合突变体进行一系列的基因功能的研究。基因敲除所产生的突变表型,是该基因缺失后的表型,因而直接表明了该基因的功能与表型的关系,人们由此可以直接快速的检测得到基因的功能。