python T-LOC.py --fastq samples_1.fq.gz,samples_2.fq.gz --genome Reference.fa --TDNA TDNA.fa --control_fastq control_s1_1.fq.gz,control_s1_2.fq.gz:control_s2_1.fq.gz,control_s2_2.fq.gz --ouput outputfolder 使用:带有T-DNA插入的测序fastq文件,作为对照的没有T-DNA插入的bam文件...
samtools view-b-F0x2align/data.bwa.bam|samtools view-b-G141|samtools view-G77|cut-f4|sort|head-n2samtools view-b-F0x2align/data.bwa.bam|samtools view-b-G141|samtools view-G77|cut-f4|sort|tail-n2 5000bp处就是插入位置 第五步:组装20%的不完美比对序列。这一步使用velvet组装工具,因为用...
2.1 识别TDNA插入位点 2.2 TDNA插入位点注释 网址:TDNAscan: A Software to Identify Complete and Truncated T-DNA Insertions github:GitHub - BCH-RC/TDNAscan TDNAscan可以用于识别完整的和Truncated(被截短的)TDNA插入位点。A型和B型软剪切阅读用于识别正向T-DNA插入。D型和E型软剪切阅读用于鉴定反向T-DNA插...
解析 答:确定拟南芥基因组T-DNA插入位点的试验操作如下: (1)提取拟南芥基因组; (2)PCR法和Southern法检测突变体T-DNA插入; (3)采用Tail-PCR方法扩增突变体T-DNA插入位点的侧翼序列; (4)DNAstar软件分析,得到相应的测序结果,分析T-DNA边界剪切位点,与拟南芥基因组数据库比对,确定T-DNA的插入位点。
解析 采用CTAB法提取拟南芥基因组,突变体 T-DNA插入采用 PCR 法和 Southem法检测,用TAIL-PCR 扩增参试突变体 T-DNA 插入位点的侧翼序列,用 DNAstar 软件分析取得的测序资料,分析T-DNA边界剪切位点,通过与拟南芥基因组数据库进行比对,即可确定T-DNA的插入位点。
利用突变信息查询网站查询拟南芥T-DNA插入信息，其过程如下：STEP 01打开网站；STEP 02在箭头指的红色框内输入想要查询的基因号，比如：AT2G***，输入之后点Search，得到如下页面，箭头指的红色框就是我们查询的基因，点击箭头指的蓝色框内的蓝色三角形按钮可以进行放大和缩小；STEP 03将查询的基因放大到最大页面，以...
IPCR确定T-DNA突变体插入位点 IPCR是克隆插入片段侧翼序列非常有效的方法。IPCR可用于研究与已知DNA区段相连接的未知染色体序列,这时选择的引物虽然与核心DNA区两末端序列互补,但两引物3’端是相互反向的,其目的在于扩增一段已知序列旁侧的DNA。先提取筛选后得到的T-DNA插入突变体植物基因组DNA,选择T-DNA插入标签中...
回归正题,基因编辑过的作物会有载体序列插入到植物基因组中,确定T-DNA插入位点有重要用处,原理可以看一下这篇文章Illumina Sequencing Technology as a Method of Identifying T-DNA Insertion Loci in Activation-TaggedArabidopsis thalianaPlants。下面介绍我是如何完成这项工作的,有些内容比如软件安装和参数设置,网上已...
可以做Tail-PCR；直接基因组重测序，拟南芥比较容易也不是很贵，而且如果是多插入一般不会漏掉插入位点；如果是从tair上购买的突变体，tair上是有相关信息的，也有相关网站可以设计引物确定纯杂合 大概想到这几种方法，欢迎交流。