经过长期的研究发现，现存的 AI 工具在准确预测和识别抗原与 TCR 配对方面，面临着巨大的挑战。其只能从已知的 TCR 结合库中对曾经见过的抗原进行 TCR 亲和力识别，而不能识别从未出现在免疫系统中的抗原。这主要是因为，从 AI 的角度来看，目前该领域的先验样本不足，给 AI 模型的训练造成了障碍；同时，由于 TCR...
今天小编继续为大家介绍分析T细胞受体库的R包:tcR包,可以对TR序列进行多样性评估、共享T细胞受体序列识别、基因usage统计计算等。 R包使用 三、基因usage 2. 基因usage比较(Gene usage comparing) 为了评估组库中V-和J基因usage情况,该程序包实现了两种分析方法的子程序:信息论方法和PCA(主成分分析)方法。 (1)香农...
T细胞对感染性病原体的有效反应取决于T细胞受体(T Cell Receptor, TCR)的多样性,了解其多样性可以为疫苗开发提供更多信息。近日,一项研究利用单细胞和高通量TCR深度测序技术,对结核分枝杆菌感染后的T细胞受体库进行分析。研究使用新的分析方法如GLIPH和GLIPH2,根据TCR的CDR3区域中共享的保守序列进行相似性组分析,将数...
二、研究的数据及方法1.TCR库的产生:作者使用合成TCR信息生成器(STIG)产生一千个TCR库,用STIG从5000个多样的克隆类型中产生1亿个体(即虚拟细胞)。这些群体中的读数与TCGA匹配。同时对STIG提供基础质量分数,以匹配与TCGA数据相同的质量分数和错误率。中位插入长度和标准偏差也从TCGA样本亚抽样常见的范围中选择。TCR克...
T细胞受体(TCR)链的合成发生在胸腺中的T细胞分化过程中。正常人的胸腺在胎儿发育早期发育,并在妊娠7-8周时被干细胞定植。人的胸腺在成年后功能良好,胸腺对于表达αβ和γδ TCR的外周T细胞库的初步建立是必不可少的。出生时没有胸腺的儿童(完全性DiGeorge综合征)缺乏功...
在本文章中探索了T细胞抗原受体(TCR)库的异质性。在肿瘤中选择性扩增的TCR序列的数目在肿瘤内部和瘤体之间变化,与非同义突变的数目相关。扩展的TCR可以细分为在所有肿瘤区域中发现的TCR(普遍存在的)和在区域子集中存在的TCR。普遍存在的TCR和区域性TCR的数量分别与普遍存在的和区域非同义突变的数量相关。扩增的TCR...
首先，作者将模型应用在突变序列上，从而预测出TCR或表位序列上的突变对两者结合的影响；其次，作者利用模型分析特定表位的TCR库，从而获得结合该表位的特征模式；最后，作者通过预测模型揭示了TCR和抗原表位互作面上的一些常见的规律模式和结合机制。该研究首次使用深度学习框架建模多层级的T细胞受体和抗原表位的相互作用，...
1 T细胞受体(T cell receptor，TCR)是T细胞表面特异性识别抗原和介导免疫应答的分子，是人类基因组中多态性最高的区域之一，决定着人的免疫系统如何适应环境的变化。T细胞受体库的多样性(包括基因重组以及选择性表达)直接反映了机体免疫应答的状态。2 TCR可分为TCRα/β和TCRγ/δ两种类型, 外周血T细胞主要为TCRα/...
同样在肿瘤免疫研究中愈加火热的还有多组学检测的单细胞T细胞受体库测序(scTCR-seq),简单来说是通过高通量测序检测单个T细胞识别抗原的受体(TCR)的多样性,一方面可以直接获得单细胞水平下克隆型的多样性信息;另一方面也可以直接对α-β链配对信息进行分析研究,临床上可通过体外合成瘤内TCR导入报告细胞,和自体肿瘤细胞共...