数据导入完成后如下图,右边的图形是刚刚在STRING网站中的PPI导入到Cytoscape软件后的图形,看上去确实精简了不少,和原图相比只是把没有相互作用关系的蛋白去掉了,这样的图确实精简,但是看上去也还是不咋滴! 下面就开始对这幅图进行改造,我们依次点击Tools- NetworkAnalyzer-Network Analysis-Generate style from statistics。
没有关系,熟悉的朋友应该会手动进行node和edge参数设置,不多说,详见视频教程。 此外,一向贴心的进哥已经给大家制作了一个Style文件,在Cytoscape中importà Styles from file à选择NetworkAnalyzer_styles.xml,将预制style导入软件。 进行ToolsàNetwork Analysis后,选择NetworkAnalyzer_styles,瞬间得到和3.7一样的效果: ...
Cytoscape是一个功能很强大的网络图绘制工具,还有很多扩展插件,大家感兴趣可以自行摸索,会爱上这个工具。 最后祝大家科研实验顺利! 原文:STRING网站+Cytoscape软件制作精美蛋白互作网络图(PPI) – 王进的个人网站 https://www.jingege.wang/2023/07/19/string%e7%bd%91%e7%ab%99cytoscape%e8%bd%af%e4%bb%b6%e...
保存好的TSV格式文件是Cytoscape软件数据的输入方式之一,当我们在STRING网站完成PPI制作之后,就可以打开Cytoscape软件了。 第一步是导入数据:File-Import -Network-file,然后选择TSV格式的文件。 数据导入完成后如下图,右边的图形是刚刚在STRING网站中的PPI导入到Cytoscape软件后的图形,看上去确实精简了不少,和原图相比只...
在生物信息学研究中，STRING网站和Cytoscape软件是构建精美蛋白互作网络图(PPI)的强大组合。首先，登录STRING官网(string-db.org)，界面直观易用，左侧列出了输入选项，右侧是蛋白输入框，通常选择“Multiple proteins”处理多个蛋白数据。输入基因名（每个基因一个行），并指定物种为“Homo sapiens”，点击搜索...
保存好的TSV格式文件是Cytoscape软件数据的输入方式之一,当我们在STRING网站完成PPI制作之后,就可以打开Cytoscape软件了。 第一步是导入数据:File-Import -Network-file,然后选择TSV格式的文件。 数据导入完成后如下图,右边的图形是刚刚在STRING网站中的PPI导入到Cytoscape软件后的图形,看上去确实精简了不少,和原图相比只...
保存好的TSV格式文件是Cytoscape软件数据的输入方式之一,当我们在STRING网站完成PPI制作之后,就可以打开Cytoscape软件了。 第一步是导入数据:File-Import -Network-file,然后选择TSV格式的文件。 数据导入完成后如下图,右边的图形是刚刚在STRING网站中的PPI导入到Cytoscape软件后的图形,看上去确实精简了不少,和原图相比只...
保存好的TSV格式文件是Cytoscape软件数据的输入方式之一,当我们在STRING网站完成PPI制作之后,就可以打开Cytoscape软件了。 第一步是导入数据:File-Import -Network-file,然后选择TSV格式的文件。 数据导入完成后如下图,右边的图形是刚刚在STRING网站中的PPI导入到Cytoscape软件后的图形,看上去确实精简了不少,和原图相比只...
网络导出为tsv格式，适用于Cytoscape导入。Cytoscape是一款功能强大的网络图绘制软件，支持多种格式导入。导入tsv文件后，获得初步网络图，可能复杂且丑陋。Cytoscape的NetworkAnalyzer插件可对网络进行美化。在CytoscapeV3.7版本中，通过Tools- NetworkAnalyzer-Network Analysis-Generate style from statistics快速...
本视频介绍STRING网站+Cytoscape软件制作蛋白互作网络图的过程。 string网址:https://string-db.org/ Cytoscape软件下载:https://cytoscape.org/download.html