采用Cytoscape软件对经STRING数据库分析所得PPI网络图进行美化大致可分为两种情况:其一则是直接通过调整图片颜色、线条、整体布局(注意:整体布局调整亦可手动调节或直接自动调节,较为灵活)等的调整以达到美化的效果;其二则是进阶版,依据“Degree”值进行分类设置,以使图片更加精致美观的同时层次更加分明,下面我将以第二种...
8. 将LogFC信息加入PPI 可能大家大多数看的文献中都是上图呈现效果,其实只要自己熟悉Cytoscape,完全可以将LogFC,甚至P值信息添加进图中。详见进哥B站视频教程。 9.寻找核心基因+子网络 一般做完差异基因,或者使用其他方法找到想要的biomarker时,想要知道这些基因的调控网络,或者哪些基因在调控网络中处于核心位置,比较常...
保存好的TSV格式文件是Cytoscape软件数据的输入方式之一,当我们在STRING网站完成PPI制作之后,就可以打开Cytoscape软件了。 第一步是导入数据:File-Import -Network-file,然后选择TSV格式的文件。 数据导入完成后如下图,右边的图形是刚刚在STRING网站中的PPI导入到Cytoscape软件后的图形,看上去确实精简了不少,和原图相比只...
Cytoscape是一套完整的网络图分析系统,它不仅仅是一个软件,还包括了一系列编程语言接口、app store 等诸多内容,是网络分析领域的龙头老大。Cytoscape 能够帮助我们实现基因互作的可视化网络图,并且通过其诸多分析插件帮我们找到这里面的关键基因。 研究思路 step1 从 基因列表 到 蛋白互作 step2 从 蛋白互作 到 互作...
之前小编为大家推送了利用DAVID网站进行差异基因的GO和KEGG分析,而基因功能注释后就可以寻找蛋白表达之间的关系了,在生信分析中,常常会使用STRING网站+Cytoscape软件来制作蛋白互作网络图(PPI)。今天小编奉上一部PPI制作教程,让我们一起细细咀嚼吧! 首先我们进入STRING网站的官网(网址为https://string-db.org/),界面很...
STRING网站+Cytoscape软件制作精美蛋白互作网络图(PPI) 之前小编为大家推送了利用DAVID网站进行差异基因的GO和KEGG分析,而基因功能注释后就可以寻找蛋白表达之间的关系了,在生信分析中,常常会使用STRING网站+Cytoscape软件来制作蛋白互作网络图(PPI)。今天小编奉上一部PPI制作教程,让我们一起细细咀嚼吧!
第一步是导入数据:File-Import -Network from file,然后选择TSV格式的文件,默认参数àOK。得到一个巨丑无比的网络图,看起来也比较复杂。 7. NetworkAnalyzer美化加工 对于Cytoscape V3.7用户可以很方便进行美化:依次点击Tools- NetworkAnalyzer-Network Analysis-Generate style from statistics。
-, 视频播放量 42841、弹幕量 23、点赞数 1032、投硬币枚数 591、收藏人数 3115、转发人数 381, 视频作者 飞猪Doctor, 作者简介 我是飞猪,暨大临床在读博士,乐于分享科研相关的基本知识和小技巧,偶尔也分享些好歌,希望能对你有所帮助!,相关视频:PPI网络:蛋白互作网
保存好的TSV格式文件是Cytoscape软件数据的输入方式之一,当我们在STRING网站完成PPI制作之后,就可以打开Cytoscape软件了。 第一步是导入数据:File-Import -Network-file,然后选择TSV格式的文件。 数据导入完成后如下图,右边的图形是刚刚在STRING网站中的PPI导入到Cytoscape软件后的图形,看上去确实精简了不少,和原图相比只...
线的类型、颜色、粗细 总结 以上就是从STRING到PPI网络图的基本流程和简单操作。除了上述方法外,Cytoscape也可通过安装插件——stringApp的方法,来获取该数据库中的蛋白质之间的关联。不管哪种方法,最终目的都是获取PPI网络图。