我用conda安装的stringtie,现在只能在base环境中运行,不在base环境中就显示not find 2021-01-10 回复喜欢展开其他 2 条回复 查看被折叠评论 推荐阅读 单细胞转录组测序数据的可变剪接(alternative splicing)分析方法总结 (*AIPuFu-免费大型综合生物信息学资源和工具平台:http://www.aipufu.com*) 可变剪...
2.准备环境 # 创建分析环境(前提是已经安装好conda!,不会的自行百度)conda create -n rnaseq python=2# 进入环境conda activate rnaseq# 安装所需软件,耐心等待conda install -y fastqc multiqc hisat2 stringtie samtools 3.质量检查 # 新建目录,把fastq文件放到1.fastq-data文件夹下$ ls 1.fastq-data/ tes...
Fatal error: Exit code 1 () Traceback (most recent call last): File "/galaxy/main/deps/_conda/envs/__stringtie@1.3.3/bin/prepDE.py", line 186, in <module> t_dict.setdefault(t_id, {}) NameError: name 't_id' is not defined ...
hisat2 和 stringtie 都可以在anaconda上直接安装,deseq2可以使用新的Bioconductor的安装方式: conda activate conda create -n hisat2 conda activate hisat2 conda install hisat2 conda activate conda create -n stringtie conda activate stringtie conda install stringtie if(!requireNamespace("BiocManager", qu...
conda deactivate 主要用到的软件有: 数据质量分析软件fastqc multiqc 数据质量控制软件fastp(采用c++编写,功能强大,运行快) 序列比对软件hisat2(以及samtools将sam文件转化为bam文件) 样本定量软件stringtie 差异表达分析R语言包deseq2 package或ballgown package ...