conda install-n transcriptome fastqc salmon star stringtie sra-tools trimmomatic rmats rmats2sashimiplot # 启动新环境 source activate transcriptome salmon-h # 默认安装到了anaconda_path下面的envs/transcriptome目录下(在屏幕输出也会有显示) # 这个目录下存在bin文件夹,一般使用全路径就可以调用,如下 # anacon...
conda install numpy=1.7.2 -y # 安装特定版本的软件包 conda remove <package name> # 移除软件包 安装R # 具体见下面 # 安装R,及80多个常用的数据分析包, 包括idplyr, shiny, ggplot2, tidyr, caret 和 nnet conda install -c r r-base=4.0.2 r-essentials # 安装单个包 # conda install -c htt...
conda install -c r r # Install R kernel for IPython notebook conda install -c r r-irkernel # Install ggplot conda install -c https://conda.binstar.org/bokeh ggplot # 最后退出新环境 source deactivate r 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 11. 12. 13. 14. 15. 16. 17. 列出...
写在前面 今天中午看到通哥分享的教程,conda转圈圈,为何不试试pixi,Pixi是第一次了解。但是,通过他们的介绍,确实牛X,速度是conda的10倍以上,mamba的4倍。对于自己而言,自从使用了mamba以后,基本不会在使用conda安装软件。conda很多时候,速度让我劝退了。 Pixi确实有这么牛X? 那么就实际操作一下吧。 Pixi官方网址 ...
conda install -c bioconda -y stringtie conda install -c bioconda -y gffcompare conda install -c bioconda -y gffread conda install -c bioconda -y gmap conda install -c bioconda -y bedtools conda install -c bioconda -y emboss conda install -c bioconda -y clustalo ...
I'd been trying install the 'funannote' conda package, so tried adding the packages from this that have constraints to see if that would help. It quickly errors out with a constraint failure, but that's still an interesting result. conda create -n funannotate-1.8.9 --override-channels -...
conda install numpy=1.7.2 -y # 安装特定版本的软件包 conda remove # 移除软件包 安装R # 具体见下面 # 安装R,及80多个常用的数据分析包, 包括idplyr, shiny, ggplot2, tidyr, caret 和 nnet conda install -c r r-base=4.0.2 r-essentials ...
conda install-y stringtie conda install-y hisat2 conda install-y bowtie2 conda install-y sambamba conda install-y gffcompare conda create--name medical_ner_python36 python=3.6conda install-y macs2 conda install-y multiqc conda install-y picard ...
conda install numpy=1.7.2 -y # 安装特定版本的软件包 conda remove <package name> # 移除软件包 安装R # 具体见下面 # 安装R,及80多个常用的数据分析包, 包括idplyr, shiny, ggplot2, tidyr, caret 和 nnet conda install -c r r-base=4.0.2 r-essentials ...
一个转录组上游分析流程 | Hisat2-Stringtie 4. 转录组下游分析 批量做差异分析及图形绘制 | 基于DESeq2差异分析 GO和KEGG富集分析 单基因GSEA富集分析 全基因集GSEA富集分析 小杜的生信筆記,主要发表或收录生物信息学教程,以及基于R分析和可视化(包括数据分析,图形绘制等);分享感兴趣的文献和学习资料!!