1.Cytohubba插件安装:打开Cytoscape软件,点击“Apps”→“App Manager”→搜索“Cytohubba”→点击安装(图A)。安装完成后即可在Cytoscape软件主界面看到Cytohubba插件(图B); 图A 图B 2.向Cytoscape软件中导入待分析的数据,“Nodes’Scores”选择“Calculate”,“Hubba nodes”勾选“Top 10 node (s) ranked by”,其...
1、首先，确保已安装Cytoscape软件，本次示例中采用3.9.1版本。关于Cytoscape的详细安装步骤，请参阅专门的安装指南。2、打开Cytoscape后，点击顶部菜单栏的Apps，进入App manager。在列表中搜索并安装CytoHubba插件。安装完成后，即可利用Cytoscape和CytoHubba插件来提取PPI网络中的Hub基因。安装完成后，左侧会出现一个插件...
1.如果你发现你的Cytoscape里还没有安装cytoHubba插件,你需要点击菜单栏的Apps,打开app manager,搜索插件安装,如图9,当你安装好后,会在视图菜单栏上看见cytoHubba的存在 图9 2.在视图处理工作面板点击cytoHubba,选择刚才打开的网络图,点击”Nodes’Scores”的Calculate ,这里有12种算法可供选择来计算hub基因,这里我们实...
在Cytoscape主界面的file – import - Network from files中导入从STRING中下载的蛋白互作网络文件，窗口...
通过使用Cytoscape插件MCODE或者Cytohubba可以从网路图中找到关键基因 第一步 打开网络图 找到以 .cys 结尾的网络图文件,导入到Cytoscape中 第二步 安装插件 点击App Manager,然后经过一段时间的联网操作(注:有时候会经过很长时间连不上去,这时候需要耐心等待或者 VPN 操作一下),软件能够自动关联 App store,并且帮我...
安装stringApp后可以直接在Cytoscape软件中构建蛋白互作网络,而且非常适合构建大型网络。安装软件后可在1处Network直接导入蛋白互作网络,点击2处,选择3处STRING protein quary,在4处导入蛋白ID和物种名,搜索之后即可生成相应的蛋白互作网络图,Apps-STRING还有一些其他功能,包括扩大网络,设置蛋白互作可信度阈值等。同样的,通...
在Cytoscape中使用工具(如CytoHubba)筛选出的结果通常是基因名称。这是因为STRING数据库提供的蛋白互作网络的数据一般会在分析过程中被转化为基因符号来表示。 二、筛选需要的KEGG通路 在DAVID富集分析结果中,你可以按照下面的步骤筛选与氧化应激相关的通路:
用于导入Cytoscape。 6. 导入Cytoscape 第一步是导入数据:File-Import -Network from file,然后选择TSV格式的文件,默认参数àOK。得到一个巨丑无比的网络图,看起来也比较复杂。 7. NetworkAnalyzer美化加工 对于Cytoscape V3.7用户可以很方便进行美化:依次点击Tools- NetworkAnalyzer-Network Analysis-Generate style from...
利用插件,如“cytoHubba”计算得分,如根据“MCC”得分排列,选前几个关联度高的节点作为你的目标分子。 点击“submit”后,右侧则显示按照你的要求重新形成的PPI网络,点击“EXPORT”图标,则可以保存该图片。 好了,今天的介绍就到此了,总体String数据库简洁明了,很容易上手。
PPI网络实战:String加Cytoscape联手挖掘PPI网络 欢迎关注”生信修炼手册”! 在之前的文章中,我们提到利用网络聚类算法可以从复杂的蛋白质网络中挖掘蛋白复合体或者相应的功能模块,其中MCODE算法是最常用的挖掘蛋白复合体的算法。 MCODE全称molecular complex detection, 是最广泛使用的挖掘蛋白复合体的算法之一,在cytoscape ...