4、确定Hub基因 首先，选择cytoHubba工具。接着，点击Calculate进行计算。在Hubba nodes板块中，选择Top12（因为我们的靶点基因总数为12个），并采用MCC算法，该算法在相关文献中也被优选。第四步：Display options 由于在STRING应用理论篇的Settings板块未设置max number of interactors to show，且本次导入的总靶点基因...
1.打开 STRING网站https://string-db.org/,如图3 ,如点击Multiple proteins输入或上传自己感兴趣的基因集/差异基因集,然后点击search,之后网站会提示需要选择物种信息和再确认有歧义的基因,这里选Homo sapiens,都为输入的基因选数据库里匹配的第一个,实际情况中大家根据自己的研究来哦,点continue 后就可以 图3 2....
根据文献cytoHubba: identifying hub objects and sub-networks from complex interactome（https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25521941），建议选择MCC方法。演示 1、插件下载 单击 App Manager Search里 搜索 cytohubba，之后install 2、文件导入 File – Import – Network from File 导入string网址里导出的string_inte...
使用cytohubba把关键子网络提取出来,如图筛选出关键子网络,MCC是cytohubba的较新的算法,将lable换为common name,这样我们可以通过右侧的rank分看出MCM1在网络中占有重要权重以及其与GAL4的关系。 12 13 使用MCODE插件(以下引自https://www.jianshu.com/p/17a0ba0ced3c), MCODE,MolecularCOmplexDetection,发现PPI网络中...
比如:cytoHubba和GlueGO。 检索要安装的插件: 3.使用cytoHubba筛选hub基因 这里用string数据库工具做的蛋白互作,下载网络文件: 导入网络文件。 点击calculate后,下面下面的选项就可选了,而calculate变成灰色。 选择hubba nodes算法: 选择后,勾选top,top默认为10,自己设置,也就是整个网络中重要性或者连通度靠前的多少...
插件一:cytoHubba 该插件用于进行网络拓扑分析和节点中心性分析,利用插件通过拓扑网络算法给每个基因赋值,排序发现其关键基因(hub gene)和子网络。 cytoHubba根据nodes在网络中的属性进行排名。它提供了多种拓扑分析方法,包括: Degree (度中心性): 计算节点的度,即与节点直接相连的边的数量。
选好后按下方submit提交即可右侧结果界面会出现hub节点的label及排序导出保存表格还包括score cytoscape——cytohubba查找hub节点 Hub基因通常都是具有代表性的一些基因,如何从众多基因集中找出它的真身呢?今天小编给大家介绍以下Cytoscape中的Cytohubba模块。 Cytohubba是Cytoscape软件用于识别hub节点的插件,那么如何操作来让我们...
接下来使用cytohubba及MCODE插件对其进行模块筛选。这两个插件可以在界面左上角Apps中进行安装,JOJO在进行插件安装过程中碰到了网络问题,更新显示无法连接到APP store,这时可以选择去官网将插件下载下来再安装进cytoscape,但是JOJO秉着能偷懒绝不努力的原则手机开个热点电脑连接搞定╮(╯▽╰)╭...
从string网页工具上下载string_interactions.tsv文件,再使用R对tsv文件进行初步处理成cytoscape的输入文件—cyto.txt 及 deg.txt,代码如下: #制作string的输入数据load("step4output.Rdata") gene_up= deg[deg$change =='up','symbol'] gene_down=deg[deg$change =='down','symbol'] ...
Cytohubba是Cytoscape软件用于识别hub节点的插件,那么如何操作来让我们一见分晓: 首先,准备好我们的网络文件,导入Cytoscape中; 接下来,打开cytohubba的界面,点击calculate; 计算方法的选择,上方hubba nodes为通过特定方法选择top数量的hub节点;下方particular nodes为选则特定的节点分析; ...