用户可以通过STRING数据库的官方网站(https://string-db.org/)访问该数据库,并使用搜索工具输入感兴趣的蛋白质或者基因的名字,将会得到与查询结果相关的蛋白质相互作用网络和其他相关信息,而用户也可以上传自己的数据集进行网络分析。 可以利用蛋白的名称,序列等多种格式进行检索,输入基因sysmbol 也是可以的。对于单个...
随后,通过STRING数据库(https://string-db.org/)检索了编码蛋白间可能的潜在相互作用,并构建了蛋白质相互作用网络表示出来,目的是描述这些基因或蛋白之间存在怎样的相互关系,例如物理接触、靶向调节等,最终阐述生物体中有意义的分子调节网络。 相关文献来源图片,STRING的蛋白质相互作用网络 目前,STRING数据库收录了超过50...
在转录调控相关的文献中,我们经常能够看到这样的蛋白质相互作用网络(protein protein interaction network,PPI network)。具体而言,这些相关的文献中首先通过RNA-seq、表达谱芯片或者蛋白质组分析等,找到了在不同分组样本间一系列的差异表达基因或蛋白。随后,通过STRING数据库(https://string-db.org/)检索了编码蛋白间可...
STRING数据库简介STRING（Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins）是一个在线的生物信息学数据库，旨在提供基因和蛋白质相互作用的信息。该数据库整合了多种数据来源，包括实验室实验、文献报道和计算预测，以提供全面的相互作用网络。STRING数据库还提供了许多工具和功能，例如基因和蛋白质注释、功...
PPI网络的构建通常基于实验数据或计算机预测。实验方法包括酵母双杂交、共免疫沉淀和质谱分析等。这些实验技术可以检测到蛋白质之间的物理相互作用。计算机预测方法则基于已知蛋白质结构和序列信息,通过算法判断蛋白质之间是否可能相互作用。STRING数据库整合了多种实验和计算方法生成的PPI数据,提供了更全面的PPI网络信息。 PP...
这个软件是STRING。STRING本⾝就收录了2031个物种，9.6 Million个蛋⽩和1380 Million种相 互作⽤。出来能进⾏蛋⽩-蛋⽩间互作⽹络外，这个数据库还能⽤来查找关注的蛋⽩的调控因 ⼦，共表达，基因组共线性，物种共存在，⽂本挖掘，实验验证信息等等，是⼀个对科研⼈员 来说⼗分实⽤的...
用户可以通过STRING数据库官方网站进行访问，输入蛋白质或基因名称以检索与之相关的蛋白质相互作用网络。对于单个蛋白质，数据库生成包含所有相互作用蛋白质的网络图；而输入多个蛋白质时，仅显示这些蛋白质之间的相互作用，适用于差异基因分析。搜索完成，用户获得蛋白质相互作用网络图，其中节点代表蛋白质，连线...
研究蛋白之间的相互作用网络,有助于挖掘核心的调控基因,目前已经有很多的蛋白质相互作用的数据库,而string绝对是其中覆盖的物种最多,相互作用信息做大的一个,网址如下: 好了下面我们来举个栗子,…
在转录调控相关的文献中,我们经常能够看到这样的蛋白质相互作用网络(protein protein interaction network,PPI network)。具体而言,这些相关的文献中首先通过RNA-seq、表达谱芯片或者蛋白质组分析等,找到了在不同分组样本间一系列的差异表达基因或蛋白。随后,通过STRING数据库(https://string-db.org/)检索了编码蛋白间可...
转录组分析的后续挖掘经常会提到构建互作网络,比如基因间的互作网络、不同基因集间的互作网络、蛋白质与基因的互作网络等等,但是使用最多的还是蛋白质互作网络(protein protein interaction network,PPI netwo…