STRING数据库主页面展示 Cytoscape界面展示 二、 STRING数据库分析流程 1.进入STRING数据库官网后,点击“SEARCH”,即可进入如下界面,左侧列为我们提供了一些常用的分析选项,通常以前三种最为常用,即可依次通过单个蛋白、多个蛋白或蛋白序列进行检索(注意:多蛋白或蛋白序列检索可支持文件上传,方便快捷); 2.选择“Protein b...
String数据库是一种特殊类型的数据库,它的主要目的是存储和管理字符串数据。与传统的关系型数据库不同,String数据库更专注于字符串处理和操作,提供了许多针对字符串的特殊功能和优化。它可以用于存储和查询文本、日志、配置文件、HTML代码等字符串类型的数据。 String数据库有哪些特点? String数据库具有以下几个特点: ...
STRING数据库提供了多种下载格式方便大家选择。 Clusters 聚类 STRING提供了5种聚类方式,在PPI网络中的蛋白数量非常庞大时,可以使用聚类,将错综复杂的网络划分为若干个子网络,这样就更加一目了然啦 五、总结 STRING数据库经过二十多年的不断更新,目前已经更新到12.0版本,包含来自12535 个物种的59'309'604 种蛋白以及...
常用网站介绍｜蛋白互作数据库STRING STRING是一个用于检索已知蛋白和预测蛋白之间相互作用的数据库，包含实验数据、来源于PubMed的结果、其他数据库的数据以及利用生物信息学的方法预测的结果，信息全面可靠，是研究蛋白质功能和互作的重要工具。进入官网（https://cn.string-db.org/），目前数据库已收录12535个物种，59...
数据库操作流程 String 1、进入页面之后主要关注Search界面上的这两个红色方框内容。 左边红框可以选择是单一/多种蛋白输入模式,右边红框是输入蛋白(基因)名称并选择物种。 2、点击SEARCH后会进入下一步的界面,这里对输入的蛋白(基因)会有详细的解释。同时也可以把对应的信息从MAPPING处下载下来。
STRING是一个用于检索已知蛋白和预测蛋白之间相互作用的数据库,包含实验数据、来源于PubMed的结果、其他数据库的数据以及利用生物信息学的方法预测的结果,信息全面可靠,是研究蛋白质功能和互作的重要工具。 进…
String调用的数据库可以是MySQL、PostgreSQL、SQL Server、Oracle等,具体取决于应用程序的设计和需求。以MySQL为例,它是一种广泛使用的开源关系数据库管理系统,以其高性能、高可靠性和高可用性著称。MySQL的优势在于其易于安装和配置,支持多种编程语言,并且具有强大的社区支持。开发人员可以使用标准的SQL语句通过编程语言(...
STRING是一个用于检索已知蛋白和预测蛋白之间相互作用的数据库,包含实验数据、来源于PubMed的结果、其他数据库的数据以及利用生物信息学的方法预测的结果,信息全面可靠,是研究蛋白质功能和互作的重要工具。 进入官网(https://cn.string-db.org/),目前数据库已收录12535个物种,59.3million个蛋白,大于20billion种互作关系...
String数据库,绘互作图 想要研究蛋白质之间的相互作用?String数据库()是一个不错的选择。这个数据库是目前最丰富、应用最广泛的蛋白质相互作用研究工具之一,最新版本是11.5,收录了超过14000个物种、6千多万种蛋白、200多亿个相互作用的信息。这些相互作用不仅包括直接的物理作用,还涵盖了间接的功能相关性。
本节概览:1.STRING数据库基本介绍 2.STRING R语言版——STRINGdb的使用: ①STRINGdb数据库导入 ②获取STRING_id ③PPI绘制 ④clustering分簇 ⑤富集分析 ⑥获取蛋白互作信息3.STRING 网页版的简单使用: 文件上传、各选项设置、数据导出 在得到我们感兴趣的基因集后,除了对其进行GO等富集分析查看与什么重要的生物学...