STRING是一个用于检索已知蛋白和预测蛋白之间相互作用的数据库,包含实验数据、来源于PubMed的结果、其他数据库的数据以及利用生物信息学的方法预测的结果,信息全面可靠,是研究蛋白质功能和互作的重要工具。 进…
数据库操作流程 String 1、进入页面之后主要关注Search界面上的这两个红色方框内容。 左边红框可以选择是单一/多种蛋白输入模式,右边红框是输入蛋白(基因)名称并选择物种。 2、点击SEARCH后会进入下一步的界面,这里对输入的蛋白(基因)会有详细的解释。同时也可以把对应的信息从MAPPING处下载下来。
常用网站介绍｜蛋白互作数据库STRING STRING是一个用于检索已知蛋白和预测蛋白之间相互作用的数据库，包含实验数据、来源于PubMed的结果、其他数据库的数据以及利用生物信息学的方法预测的结果，信息全面可靠，是研究蛋白质功能和互作的重要工具。进入官网（https://cn.string-db.org/），目前数据库已收录12535个物种，59...
STRING数据库提供了多种下载格式方便大家选择。 Clusters 聚类 STRING提供了5种聚类方式,在PPI网络中的蛋白数量非常庞大时,可以使用聚类,将错综复杂的网络划分为若干个子网络,这样就更加一目了然啦 五、总结 STRING数据库经过二十多年的不断更新,目前已经更新到12.0版本,包含来自12535 个物种的59'309'604 种蛋白以及...
STRING数据库(cn.string-db.org/)是一款用于分析蛋白与蛋白相互作用(Protein-Protein Interaction,PPI)的常用公共数据库,是一个综合性的在线分析平台。该数据库不仅整合了部分实验验证的结果,亦包含部分经计算预测所得结果,在研究蛋白质功能,不同蛋白之间的相互作用及联系等方面具有重要价值。 Cytoscape是一款常用的可视...
STRING蛋白互作数据库 1. 检索功能 STRING数据库的检索方式有8种,在空间转录组数据分析中,使用最频繁的可能有3种方式:检索单一蛋白(Protein by name)、检索多个蛋白(Multiple proteins)、检索带有附加值(如差异倍数、显著性p值、表达丰度等)的蛋白列表(Proteins with Values/Ranks)。例如图1A是检索单一蛋白trpA,其余...
STRING数据库作为一个全面的蛋白质互作数据库,整合了实验证实的蛋白质-蛋白质相互作用关系(文本挖掘)、从基因组的特征计算得来的相互作用关系和基于直系同源的物种模型转移来的相互作用关系这三类数据。在STRING数据库中,所有的蛋白质相互作用关系数据都有被加权、整合,并且都会有一个计算得到的可靠值,通过STRING数据库的...
1、数据存储和查询效率的平衡:为了提高查询效率,string数据库通常会使用一些复杂的数据结构和算法,这可能会增加数据存储的复杂性和开销。 2、数据一致性和可用性的保证:string数据库需要保证数据的一致性和可用性,这在处理大量的数据插入和删除操作时,可能会面临一些挑战。
https://string-db.org/ 该数据库的最新版本为version 10.5, 更新于2017年5月14号,存储了2031个物种,9643763种蛋白,共1380838440个相互作用的信息。 通过官网提供的SEARCH功能,可以方便的检索该数据库,示意图如下 可以利用蛋白的名称,序列等多种格式进行检索,需要注意的是,这里虽然显示的是按照蛋白名称检索,其实你...
STRING是一个用于检索已知蛋白和预测蛋白之间相互作用的数据库,包含实验数据、来源于PubMed的结果、其他数据库的数据以及利用生物信息学的方法预测的结果,信息全面可靠,是研究蛋白质功能和互作的重要工具。 进入官网(https://cn.string-db.org/),目前数据库已收录12535个物种,59.3million个蛋白,大于20billion种互作关系...