4月21日,华大生命科学研究院在空间组学领域获得重大突破,研究团队首次提出了一套名为“Stereopy”的创新性分析框架,系统性地解决了多样本空间转录组数据联合分析的难题,为复杂生物系统的机制研究提供了全新工具。成果于《自然·通讯》(Nature Communications)发表。 Nature Communications官网截图 Stereopy整体框架图 三大核...
研究团队表示:“Stereopy不仅是技术工具的创新,更是科研范式的革新。我们期待这一成果能为全球生命科学共同体提供强大助力,共同探索生命系统的奥秘。” Stereopy已部署在DCS Cloud平台,为上千个空间与单细胞转录组分析项目提供解决方案。更多功能敬请登录DCS Cloud搜索Stereopy查看。 DCS Cloud library全面部署Stereopy配套...
数据可以在jupyter中展示互动图片,也可以将互动图片保存为html文件,并保留互动效果。 stereopy中可以使用interact_cluster方法展示交互图片。 importstereoasstimportwarningswarnings.filterwarnings('ignore')importmatplotlib.pyplotaspltann_h5ad='test.h5ad'data=st.io.read_h5ad(file_path=ann_h5ad,flavor='scanpy',...
面对数据处理中的挑战，当数据由华大测序机构提供且结果以 gef 格式返回时，有时会遇到无法直接打开和分析的问题。幸运的是，stereopy 这个 Python 包为这一过程提供了一个强大的解决方案。为了充分利用这一工具，我们首先需要创建一个基于 Python 3.8 的 Conda 环境。一旦环境搭建完成，使用 pip 安装 ...
class Stereo(LightningModule): def __init__(self, cfg, dataname=None): super().__init__() self.cfg = cfg self.dataname = dataname self.stereo = load_class( cfg['model']['stereo']['name'], ['models.stereo'])(cfg['model']['stereo']) def forward(self, imgL, im...
from evaluate_stereo import * import core.joint_datasets as datasets try: from torch.cuda.amp import GradScaler except: # dummy GradScaler for PyTorch < 1.6 class GradScaler: def __init__(self): pass def scale(self, loss): return loss def unscale_(self, optimizer): pass...
Thank you for your contribution to stereopy. When I run data.tl.cell_cell_communication(), I met the following error: `import stereo as st import warnings warnings.filterwarnings('ignore') data = st.io.read_h5ad('../data/adata_VCM_EP.h5ad') ...
2 changes: 1 addition & 1 deletion 2 stereo/core/result.py Original file line numberDiff line numberDiff line change @@ -693,7 +693,7 @@ def _get_marker_genes_res(self, name): 'control_groups': marker_genes_result['params']['reference'], 'corr_method': marker_genes_result['...
4月21日,华大生命科学研究院在空间组学领域获得重大突破,研究团队首次提出了一套名为“Stereopy”的创新性分析框架,系统性地解决了多样本空间转录组数据联合分析的难题,为复杂生物系统的机制研究提供了全新工具。成果于 《自然·通讯》( Nature Communications)发表。
pip install stereopy 三、stereopy与其他软件的格式相互转换 目前主流的分析软件还是seurat或Scanpy,即使stereopy已经具体这些功能,但是下游的高级分析的数据大多还是使用rds或者h5ad格式,那么数据格式转换是必不可少的。下面就展示以下数据的读入和转换的脚本。