数据送去华大测了,花了几个W,结果返回了gef,打不开怎么办 还好有stereopy神器。 先用conda创建python3.8的环境 conda create --name st python=3.8 conda activate st 然后用pip安装他 pip install stereopy 基本分析之Square Bin 导入依赖包 import stereo as st import warnings warnings.filterwarnings('ignore...
conda install stereopy-c stereopy-c grst-c numba-c conda-forge-c bioconda #也可以进入conda环境后使用pip安装 pip install stereopy 三、stereopy与其他软件的格式相互转换 目前主流的分析软件还是seurat或Scanpy,即使stereopy已经具体这些功能,但是下游的高级分析的数据大多还是使用rds或者h5ad格式,那么数据格式...
数据可以在jupyter中展示互动图片,也可以将互动图片保存为html文件,并保留互动效果。 stereopy中可以使用interact_cluster方法展示交互图片。 importstereoasstimportwarningswarnings.filterwarnings('ignore')importmatplotlib.pyplotaspltann_h5ad='test.h5ad'data=st.io.read_h5ad(file_path=ann_h5ad,flavor='scanpy',...
pandas升级之后以前的category设置方法无法使用了,因此更改了一个地方: /home/wrj/anaconda3/envs/JP_notebook/lib/python3.10/site-packages/scvelo/plotting/utils.py,第555行,把obs_vals.cat.categories = obs_vals.cat.categories.astype(str)注释掉即可,pandas升级之后不需要设置这个属性,反而因为更新会报错。
一旦环境搭建完成，使用 pip 安装 stereopy 成为下一个步骤。接下来，我们通过导入相关的依赖包，读取 gef 文件，并根据需要自定义 bin_size 来对数据进行初步的组织。进行质量检查和数据预览，通过绘制空间分布图和基因计数图，我们能够直观地了解数据的基本情况。随后，通过数据过滤，我们确保了分析的精度...
class Stereo(LightningModule): def __init__(self, cfg, dataname=None): super().__init__() self.cfg = cfg self.dataname = dataname self.stereo = load_class( cfg['model']['stereo']['name'], ['models.stereo'])(cfg['model']['stereo']) def forward(self, imgL, im...
为了帮助研究人员更好地利用以上算法工具,华大时空组学特邀请专题算法工具的主要研究者,分享前沿算法工具在时空组学数据处理中的应用。本视频为华大研究院算法开发工程师曹磊,讲解“Stereopy+SGAE 时空组数据分析和细胞分群方法”。 展开更多万物研究所 知识 科学科普 空间转录组 生信工具 时空云平台 时空组学 数据分析...
File ~/miniconda3/envs/stereopy/lib/python3.8/site-packages/sqlalchemy/pool/base.py:440, in _ConnectionRecord.init(self, pool, connect) 439 if connect: --> 440 self.__connect(first_connect_check=True) 441 self.finalize_callback = deque() ...
$ pip install pyrealsense2 # install librealsense python bindingsThen, for every new terminal:$ source py3librs/bin/activate # Activate the virtual environment $ python3 t265_stereo.py # Run the example """# First import the library import pyrealsense2 as rs#...
(+)- (6aSR, 11aSR, 11bRS)- 1,6a, 11a, 11b-Tetrahydro- 5,7,8-trimethoxy-3,6a, 10,11 b-tetramethyldiindeno[ 7,1 - bc : 2,1-e]pyran-2,11-dione, C25H2606, is triclinic and crystallizes in the space group P1 with a = 10.093 (4), b = 13.811 (7), c = 15.916(6)A, ...