图20. PROTAC SI-109作为STAT3降解剂的设计,及其与STAT3的共晶结构(PDB: 6NUQ)。 目前,开发诱导蛋白质降解的靶向嵌合体的蛋白水解(PROTACs)技术是一种很有前途的技术。该技术用于解决由疾病相关蛋白的异常表达驱动的疾病。典型的PROTACs是由三个基本成分组成的异双功能分子:用于结合目标蛋白(POI)的配体,用于结合和...
此外,Ser727的磷酸化进一步增强了STAT3靶基因的转录。 图1. (A)与DNA识别位点结合的STAT3同源二聚体的结构(PDB:1BG1,缺乏N端结构域;如果需要,见PDB:4ZIA)。结构域用不同的颜色表示,虚线表示缺失的残基。球体代表共价结合抑制剂的Cys542或Cys259...
基于受体的药效团模型是基于与DNA结合的STAT3β同源二聚体的3D结构构建的,与DNA片段共结晶的STAT3β的X射线结构,STAT3β同源二聚体与DNA结合的三维结构。 STAT3β同源二聚体是通过应用PDB文件中报告的转化矩阵构建的DNA片段。为了产生药效团模型,对应于包含其SH2结构域的STAT3β单体之一的残基M586-F716的序列,考虑作...
首先,将Stat3 SH2从PDB data bank取出并下载于Schrodinger操作平台-Maestro。去水后,将Stat3 SH2的氨基酸加上氢原子和电荷并将PDB文件转化为Maestro文件。依据所选的位点(主要包括磷酸化酪氨酸作用位点R609和疏水作用位点W623)计算,确定势能面(potential gradient)并作计算机配位模拟(docking)的实验(3-5)。结果分 ...
研究基于STAT3_HUMAN(PDB:6QHD,人,SH2 domain)结构,通过虚拟筛选从Chembridge化合物库(超过130多万个)中筛选到编号为8910106的小分子对STAT3具有最强结合亲和力,改造及优化后得到候选化合物WB436B(图2A)。通过SPR(图2B)、MST(图2C)等实验证明WB436B直接结合STAT3 SH2结构域,分子对接(图2D)、蛋白质定点突变(图...
c、与MS3-6结合的STAT3卷曲结构域的结构排列(PDB: 4E68,浅棕色)。单体结合导致α1和α2螺旋的构象畸变。螺旋之间形成的角度分别用绿色和红色表示。 图7MS3-6的作用模式模型。根据目前的结果图解说明了MS3-6结合对抑制STAT3转录活性的累积影响(标记为1-4)。MS3-6通过抑制S...
Fig. 1 Crystal structure of a STAT3128–715, monomer as follows: blue CCD (138–320), magenta DBD (321–465), green LD (466–554), red SH2 (586–688), and partially TAD in grey (689–715). Missing residues are displayed as dash lines. The PDB entry is 6QHD ...
stat3sh2的结构坐标取于蛋白质结构数据库(pdbdatabank,id:1bg1)。分子对接(docking)的方法:所有的计算机配位模拟(docking)的实验均在discoverystudio2.5的操作平台上完成,所用的计算机配位模拟(docking)的工具为libdock。依据所选的位点(主要包括磷酸化酪氨酸作用位点rf09和疏水作用位点w623)计算,确定势能面(potential...
B: Computational molecular docking analysis to investigate the interaction of W1131 binding to STAT3(PDB:6NUQ). The yellow molecule represents W1131. The docking value of W1131 with STAT3 protein is −5.9166. C: SPR analysis of the binding of W1131 to STAT3. D: Melt curves of STAT3 ...
结构基于PDBentry1BG1。这两个SH2区颜色不同。圆形区域表示用于虚拟筛选研究的靶PTR结合位点。(B)STA-21对STAT3βSH2区的预期结合模型。STA-21用球棍模型表示。STAT3βSH2区的分子表面用静电势着色:红色表示正电荷最多的区域,蓝色表示负电荷最多的区域。(C)STAT3βSH2区和STA-21之间形成的特殊氢键。用DOCK...