此外,Ser727的磷酸化进一步增强了STAT3靶基因的转录。 图1. (A)与DNA识别位点结合的STAT3同源二聚体的结构(PDB:1BG1,缺乏N端结构域;如果需要,见PDB:4ZIA)。结构域用不同的颜色表示,虚线表示缺失的残基。球体代表共价结合抑制剂的Cys542或Cys259...
首先,将Stat3 SH2从PDB data bank取出并下载于Schrodinger操作平台-Maestro。去水后,将Stat3 SH2的氨基酸加上氢原子和电荷并将PDB文件转化为Maestro文件。依据所选的位点(主要包括磷酸化酪氨酸作用位点R609和疏水作用位点W623)计算,确定势能面(potential gradient)并作计算机配位模拟(docking)的实验(3-5)。结果分 ...
上图显示了MS3-6与STAT3的盘状结构域结合的概述,核定位序列(NLS)的关键残基靠近单体结合位点,用红色标注。下方显示了放大后的表位残基结合界面(阈值设置为4A)。 b、表面表示STAT3(浅灰色),单体覆盖的区域显示为蓝色。 c、与MS3-6结合的STAT3卷曲结构域的结构排列(PDB: 4E68...
接至STAT3的SH2结构域(PDB,1BG1)。最初的对接结果示于图3。在结合模式 的基础上,这些片段被分为特异性针对每两个结合位点的库:位点pTyr705和侧 凹座(图4和5)。 第2步:新的先导化合物库始建于从不同子片段库选择性地链接需要的片 段。在对接已知STAT3抑制剂模式的基础上, ...
步骤(1),STAT3蛋白晶体结构的选择与预处理:从Protein Data Bank数据库中获取人源STAT3蛋白与小分子的复合物晶体结构,该结构为STAT3蛋白与小分子SD-36的复合物晶体结构(PDB:6NJS)。通过Protein Preparation Workflow模块进行蛋白配体复合物结构的预处理,具体包括删除溶剂分子、加氢、修补缺失残基和侧链、蛋白残基质子化、...
STAT3β同源二聚体是通过应用PDB文件中报告的转化矩阵构建的DNA片段。为了产生药效团模型,对应于包含其SH2结构域的STAT3β单体之一的残基M586-F716的序列,考虑作为受体,而属于另一单体的磷酸肽AAPpYLKT(残基A702-T708)认为是配体。基于受体的药效团模型是用软体PHASE创建的,通过该程序自动识别产生包含AAPpYLKT肽的所有...
[PDB] ID: 1BG1) was obtained from the PDB.31Prior to docking, protein structures were prepared by removing water molecules and other ligands using PyMol software.32A grid box size of 60×60×60 dimensions with a spacing of 0.375 Å between the grid points was implemented and covered ...
结构基于PDBentry1BG1。这两个SH2区颜色不同。圆形区域表示用于虚拟筛选研究的靶PTR结合位点。(B)STA-21对STAT3βSH2区的预期结合模型。STA-21用球棍模型表示。STAT3βSH2区的分子表面用静电势着色:红色表示正电荷最多的区域,蓝色表示负电荷最多的区域。(C)STAT3βSH2区和STA-21之间形成的特殊氢键。用DOCK...
(A) Fedratinib 在 JAK1 中的分子模拟对接结合模式(PDB 代码:4IVB)。(B) Fedratinib 在 BRD4-BD1 中的共晶结构(PDB 代码:4P5S)。 (C) 目标化合物的设计策略。(文献2) 基于分子对接模拟和药物靶蛋白共晶结构分析的支持,研究人...
首先,将Stat3SH2从PDBdatabank取出并下载于Schrodinger操作平台-Maestro。去水后,将Stat3SH2的氨基酸加上氢原子和电荷并将PDB文件转化为Maestro文件。依据所选的位点(主要包括磷酸化酪氨酸作用位点R609和疏水作用位点W623)计算,确定势能面(potentialgradient)并作计算机配位模拟(docking)的实验(3-5)。结果分析:依据模拟...