star的twopassMode问题 如果只有一个样本,那么通常推荐加上这个--twopassModeBasic参数,可以保证更精准的比对情况,也方便去找变异,其官方文档解释如下: Annotated junctions will be included in both the 1st and 2nd passes. To run STAR 2-pass mapping for each sample separately,use --twopassMode Basic opt...
AI代码解释 ## 进行 reads 比对STAR--twopassMode Basic \--quantMode TranscriptomeSAM GeneCounts \--runThreadN6\--genomeDir index_dir \--alignIntronMin20\--alignIntronMax50000\--outSAMtypeBAMSortedByCoordinate \--sjdbOverhang149\--outSAMattrRGlineID:sampleSM:samplePL:ILLUMINA\--outFilterMismatch...
STAR --twopassMode Basic --quantMode TranscriptomeSAM GeneCounts --runThreadN 6 --genomeDir index_dir --alignIntronMin 20 --alignIntronMax 50000 --outSAMtype BAM SortedByCoordinate --sjdbOverhang 149 --outSAMattrRGline ID:sample SM:sample PL:ILLUMINA --outFilterMismatchNmax 2 --outSJfilter...
STAR--runMode genomeGenerate \--runThreadN20\--genomeFastaFiles hg19.fasta \--genomeDir hg19_STAR_db \--sjdbGTFfile hg19.gtf \--sjdbOverhang149 建立索引需要基因组的fasta和gtf文件,通过genomeFastaFiles和sjdbGTFfile这两个参数分别指定;STAR构建索引需要指定一个输出目录,这个目录必须事先创建好,在该...
--outFileNamePrefix ./SRR3589959_2-pass 上述方法original方法适用于多样本和单个样本的处理,但是如果是per-sample(单个样本?)的2-pass mapping,可以直接用--twopassMode Basic参数将第两步mapping中的make index省去,直接再mapping STAR --runThreadN 20 --genomeDir ~/reference/index/STAR/mm10/ \ ...
对于单个样本,在比对时直接添加--twopassMode Basic参数,软件会自动进行两次比对,将第一次比对的SJ.out.tab加入到索引,然后重新比对。这种方法操作简单,适用于单个样本的2-pass 比对。 更多参数和用法请参考官方文档。 ·end· ...
PART6 2-pass mapping为了能准确发现新的剪切位点,力推使用STAR的 2-pass mode。 这并不是说增加检测的新剪切位点的数目,而是增强了检测到可变剪切reads比对到新剪切位点的能力。(即通过reads比对从而发现新的剪切位点) It does not increase the number of detected novel junctions, but allows to detect ...
variable needs to hold whatever text was passed into the function call since we want to operate on strings. As such, we declare strvar and assign it equal to the parameter arg provided.strvar := argThen, after declaring our second variable, we initialize it similarly but instead pass in ...
--twopassMode Basic \ --readFilesCommand "gunzip -c" \ --outSAMstrandField intronMotif \ # include for potential use with StringTie for assembly --outSAMunmapped Within 包括以下与融合检测和STAR-Fusion执行相关的参数: --chimSegmentMin 12 \ # ** essential to invoke chimeric read detection &...
的2-pass mapping,可以直接用--twopassMode Basic参数将第两步mapping中的make index省去,直接再mapping STAR --runThreadN 20 --genomeDir ~/reference/index/STAR/mm10/ \ --twopassMode Basic \ --readFilesIn SRR3589959_1.fastq SRR3589959_2.fastq \ --outSAMtype BAM SortedByCoordinate \ --...