如果是为了发现更精确的new junction,STAR建议使用2-pass mapping模式:首先用一般参数做一遍mapping,得到检测到的junction信息,然后利用这已经annotated junction来做第二次mapping。 Multi-sample 2-pass mapping: 用–sjdbFileChrStartEnd参数将所有样品的*SJ.out.tab文件作为输入进行第二次建inde STAR --runThreadN ...
Annotated junctions will be included in both the 1st and 2nd passes. To run STAR 2-pass mapping for each sample separately,use --twopassMode Basic option.STAR will perform the 1st pass mapping, then it will automatically extract junctions, insert them into the genome index, and, finally, re...
在之前Hisat2安装使用过程中,提到了2017年的一篇NC比较转录组比对工具的文章,又查了一下,这样总结的:STAT相比较TopHat和Hisat2,有较高的唯一比对率;STAR会将没有paired mapping上的reads都剔除,避免single reads比对到基因组上;并且STAR对lower-quality(包括more soft-clipped和错配碱基)比对有较高的容忍度,这对...
To run STAR 2-pass mapping for each sample separately, use --twopassMode Basic option. STAR will perform the 1st pass mapping, then it will automatically extract junctions, insert them into the genome index, and, finally, re-map all reads in the 2nd mapping pass. This option can be used...
有较高的唯一比对率;STAR会将没有paired mapping上的reads都剔除,避免single reads比对到基因组上;并且STAR对lower-quality(包括more soft-clipped和错配碱基)比对有较高的容忍度,这对一些杂合率较高的基因组优势比较明显;这次注意到,在用GATK对RNA-Seq进行Call Variants时,采用STAR的STAR 2-pass模式,估计以后也会...
常用的比对工具有Tophat2、Hisat2和STAR。不同的工具有各自的优势,目前比较流行的工具是Hisat2和STAR,它俩的比对速度都比较快,STAR的uniquely mapping reads比例较高,对于我们做多倍体物种分析的人来说,STAR的优势非常大,所以小编以STAR为例教大家进行reads比对。
常用的比对工具有Tophat2、Hisat2和STAR。不同的工具有各自的优势,目前比较流行的工具是Hisat2和STAR,它俩的比对速度都比较快,STAR的uniquely mapping reads比例较高,对于我们做多倍体物种分析的人来说,STAR的优势非常大,所以小编以STAR为例教大家进行reads比对。
每个文件都有事先定义好的名字,当多个样本同时运行时,为了加以区分,可以通过outFileNamePrefix指定输出文件的前缀。前3种类型的文件都比较容易理解,剪切位点文件实际上是根据mapping情况,估算出来的intron区间的信息,默认的文件名称为SJ.out.tab。 默认输出的比对文件为SAM格式,为了节省磁盘空间,方便下游分析,可以通过out...
2. 比对完成后,会输出许多文件,包含4个类别 log文件 sam文件 bam文件 剪切位点文件 每个文件都有事先定义好的名字,当多个样本同时运行时,为了加以区分,可以通过outFileNamePrefix指定输出文件的前缀。前3种类型的文件都比较容易理解,剪切位点文件实际上是根据mapping情况,估算出来的intron区间的信息...
STAR 2-pass mode 为了发现更加灵敏的new junction,STAR建议使用2-pass mode,其能增加检测到的new junction数目,使得更多的splices reads能mapping到new junction。因此STAR先用一般参数做一遍mapping,收集检测到的junction信息,然后利用这已经annotated junction来做第二次mapping ...