SSRseq®简单重复序列(Simple Sequence Repeat,SSR),也称微卫星(Microsatellite)或短串联重复序列(Short Temdem Repeats,STR),其串联重复的核心序列常为1-6 bp,是一种广泛分布在真核生物基因组中的重复序列。由于其自身具有共显性遗传,多态位点多,信息含量丰富,物种间转移性好,易于检测,重复性好的特点,因此广泛应...
本研究提出了一个SSR-seq的名词(我们的命名为SSRseqTM),认为与传统的仅仅依靠片段大小来进行评分和基因分型的方法相比,利用下一代测序技术进行SSR基因分型,可以获得更高水平基因多态性结果。 摘要速览 简单重复序列(SSR,或称微卫星、STR)是群体遗传学中广泛使用的一种分子标记。目前,对其基因分型的检测仍然主要依靠...
一套适用于ssr-seq技术的萝卜全基因组ssr核心引物组合及其应用技术领域::1.本发明属于生物技术领域::,更具体是植物遗传育种领域,具体涉及适用于ssr-seq技术的、可有效区分野生萝卜和栽培萝卜的各亚种、变种以及品种的38对萝卜全基因组ssr核心引物和由其构建的多重pcr反应体系以及与ssr-seq技术相结合的应用。背景技术...
SSRseq本研究采用流式细胞仪, SSR-PAGE 和 SSRseq 相结合的方法,对 97 份油茶种质资源的染色体倍性进行了鉴定.结果表明: (1) 以二倍体狭叶油茶为对照,流式细胞仪检测发现,在 96 份油茶种质中, 29 份是二倍体, 58 份是四倍体, 9 份是六倍体; (2) 每份种质的 56 个 SSR 标记的 SSR-PAGE 扩增...
基于ssrseq分子标记的大蒜种质资源分类方法在s2中采用改良的ctab法提取基因组dna的过程如下: s21,称取100mg大蒜叶片干粉置于2.0ml离心管中,在离心管中加入700μl65℃含1β-巯基乙醇的2ctab裂解液,充分混匀,65℃水浴1h; s22,在离心管中加入700μl的氯仿抽提液,上下翻转混匀、抽提5min,抽提液由氯仿和异戊醇按照...
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输入文件准备 样本STR丰度表 :row format 示例文件:input_example_row.txt; col format 示例文件:input_example_col.txt STR motif信息表 :motif信息表 示例文件:motif_example.txt 文件格式、参数的解释请参考网页‘说明’ 分析参数设置 丰度表格式 :row formatcol format ...
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为解决红松 SSR 标记匮乏及生产群体优化问题,相关研究人员开展基于 RAD-Seq 技术开发 SSR 标记及构建生产群体的研究。结果开发出标记,构建了合理生产群体。该研究为红松遗传改良等提供支撑,值得一读。 在我国东北的山林中,红松(Pinus koraiensis)可是个 “明星树种”。它不仅身姿挺拔,是长白山及周边山脉的重要组成部分...
An str count tool based on NGS SSR sequence perl str_count.pl Options: [required] --fastq_dir/-i Paired-end fastq file dir file name format: sample_name_R1.fastq.gz, sample_name_R2.fastq.gz --target_fasta/-t pcr targeted fasta seq, seq name should be named as our designed. --...