ssr引物设计复制也就是只能识别3的尾端而且只能把核苷酸连到已经和dna模板互补产生的多核苷酸链上所以引物1和2分别于双链dna的两条链的尾部就是末尾是3端的那一边结合为那些脱氧核苷酸提供3的末端就相当于开了个头 ssr引物设计 引物设计原则: 1。长度一般为15-30bp,常用的是18-27bp,但不能大于38,因为过长会...
SSR (Simple Sequence Repeats)标记是一种以特异引物PCR为基础的分子标记技术 ,也称为微卫星DNA (MicrosatelliteDNA),是一类由几个核苷酸(一般为1~6个)为重复单位组成的长达几十个核苷酸的串联重复序列 。该技…
不过一般EST-SSR的重复序列要短于基因组中的SSR,而且从EST中筛选的微卫星要比从基因组中筛选的微卫星多态性低。 二、使用 Misa 结合 Primer3 来批量设计 SSR 引物 MISA,英文全称为Micro Satellite identification tool,即微卫星识别工具。 MISA是使用 perl 编写的一支程序,能识别出序列中的微卫星和复合微卫星(两...
[train@MiWiFi-R3P-srv misa_primer3.tmp]$ misa_primer3.pl Usage: perl /opt/biosoft/Misa_Primer3/misa_primer3.pl genome.fasta.misa genome.fasta > SSR_primer3.out --flanking_length<INT>Default: 300 设计引物时提取SSR两侧翼该长度的序列作为Primer3输入的模板序列。 --min_product_length<INT>De...
ssr核苷酸设计短序列点序列序列 引物设设原设:1。设度一般设15-30bp,常用的是18-27bp,但不能大于38,因设设设设致其延会伸度大于温74℃,即Taq设的最适度温2。基分布的均衡性同一基设设出设不设超设碱碱5个GC含量一般40-60%GC含量太低设致引物Tm设设低,使用设低的退火度不利于提高温PCR的特性异GC含量...
PCR实验中,引物设计占有十分重要的地位。下面我们就来介绍一下SSR引物设计的方法: 步骤 1、将由misa得到的.misa文件的内容复制至Excel表格,并其分为2、3、4、5、6碱基重复和复合重复(多态性位点较多的一般是 2、3碱基重复): 其中红色部分为SSR位点位置2.将各碱基重复的表格按照重复次数从高到低排序,理论上重复...
5.引物设计时因考虑到扩增片段的长度一般150-350bp,可以在SSR位点的前后200bp设计: 6.挑选分数大于80.0,扩增片段为150-350bp的高分引物,最好设计50对进行挑选,注…
含量最好是40%~60%。3/4 3′端不应该存在相似性高的序列，否则容易导致错配。3′端不能有多于3 个连续的G 或C，要不然引物错配会在GC 富集区。4/4 引物3′端不能修饰，5′端可以修饰，还尽量要避开密码子第3 位。同时要注意选择3′端△G 值相对较低，5′端和中间△G 值较高的引物。
SSR引物富集与设计方法一、研究材料与方法 1.样品的采集与保存 液氮冷冻后-70℃冷冻保存,或加入无水乙醇-70℃冷冻保存。 2.主要试剂 DNAeasy基因组提取试剂盒(Qiagen公司),限制性内切酶MboⅠ(Takara公司),生物素吸附剂Vectrex Avidin D(Vector Laboratories),binding buffer(150 mM NaCl/100 mM Tris,pH=7.5),...
利用部分EST—SSRs序列共设计23对SSR引物,以铁炮百合‘SnowQueen’DNA为模板,对引物进行筛选,其中18对引物有扩增产物,占所设计引物总数的78.26%;进一步用这些引物在5个杂种系列13个百合品种进行多态性测试,显示多态性的引物占可扩增引物的66.7%。本研究结果证明了基于百合EST信息建立SSR标记是一种有效而又可行的方法。