misa.pl genome.ssr.fa 4. p3_in.pl 将.misa 文件转化成 Primer3 输入文件 p3_in.pl genome.ssr.misa 会获得 genome.p3in 文件 可以作为 primer3_core 命令的 input 文件 5. primer3_core 进行引物设计 (需要细致研究参数) primer3_core -p3_settings_f
程序为序列中前30个SSR位点,每个位点设计五对引物。该表格中表头的含义如下: 1. ID:fasta文件中序列的ID(>后面的字符)。 2. SSR nr:SSR位点的序号。 3. SSR type:SSR的类型,分为单碱基重复(p1),分为二碱基重复(p2),复合重复(c),以此类推。 4.SSR:SSR序列,分别标注出了碱基及重复次数,如(A)31即为...
ssr引物设计 引物设计原则：1。长度一般为15-30bp，常用的是18-27bp，但不能大于38，因为过长会导致其延伸温度大于74℃，即Taq酶的最适温度 2。碱基分布的均衡性同一碱基连续出现不应超过5个 GC含量一般40-60% GC含量太低导致引物Tm值较低，使用较低的退火温度不利于提高PCR的特异性 GC含量太高也易于引发非...
SSR引物设计原则和注意事项如下：避免互补序列：引物自身及引物之间不应存在互补序列，连续互补的碱基应少于4个，以避免引物间的二聚体形成，影响PCR扩增效率。控制△G值：引物的△G值不应太高，因为△G值越大，双链越稳定，不易于PCR过程中的引物与模板链的分离，从而影响扩增效率。引物长度和GC含量适中...
含量最好是40%~60%。3/4 3′端不应该存在相似性高的序列，否则容易导致错配。3′端不能有多于3 个连续的G 或C，要不然引物错配会在GC 富集区。4/4 引物3′端不能修饰，5′端可以修饰，还尽量要避开密码子第3 位。同时要注意选择3′端△G 值相对较低，5′端和中间△G 值较高的引物。
高梁非编码区SSR引物设计以及e-PCR的验证 热度: 景宁木兰SSR引物的开发与应用研究 热度: 毕业设计(论文)-禺毛茛叶绿体SSR引物筛选 热度: 引物设计原则: 1。长度一般为15-30bp,常用的是18-27bp,但不能大于38,因为过长会导致其延伸温度大于74℃,即Taq酶的最适温度 ...
三、对番茄 1 号染色体进行 SSR 引物设计1. Using misa.pl to find out all MIcroSAtellite sites in the input fasta file misa.pl *.fasta2. Extract the flank sequence of microsatellite sites with 150 bp plus through bedtools getfastacat Solanum_lycopersicum.SL3.0.dna.chromosome.1.fasta.misa | ...
SSR引物富集与设计方法一、研究材料与方法 1.样品的采集与保存 液氮冷冻后-70℃冷冻保存,或加入无水乙醇-70℃冷冻保存。 2.主要试剂 DNAeasy基因组提取试剂盒(Qiagen公司),限制性内切酶MboⅠ(Takara公司),生物素吸附剂Vectrex Avidin D(Vector Laboratories),binding buffer(150 mM NaCl/100 mM Tris,pH=7.5),...
茶树SSR分子标记序列引物设计研究摘要:SSR分子标记是一种基于DNA重复序列长度多态性的分子标记技术,是进行群体遗传学结构分析、构建遗传连锁图谱非常有力的工具。应用该技术的前提条件是要有相应的SSR引物,可利用CTAB法提取茶树基因组DNA,对茶树基因组DNA进行MseI酶切连接获得目的基因,将目的基因进行PCR扩增后通过磁珠法...
好用的生信工具分享,大数据时代,你的SSR分析引物设计技能达标了吗?