简单重复序列(SSR)是指重复单位长度和碱基组成基本一致,只有少数基因出现微小差异的一类短串联重复序列。不同染色体DNA中的SSR差异较大,可利用电泳技术将其分开,用于基因定位。某植物的紫花和红花受一对等位基因Q/q控制,实验人员用纯种紫花和纯种红花杂交,F1均为紫花,F1自交后获得F2。回答下列问题: (1)根据题中信息...
SSR标记又称为sequence tagged microsatellite site，简写为STMS，是最常用的微卫星标记之一。由于基因组中某一特定的微卫星的侧翼序列通常都是保守性较强的单一序列，因而可以将微卫星侧翼的DNA片段克隆、测序，然后根据微卫星的侧翼序列就可以人工合成引物进行PCR扩增，从而将单个微卫星位点扩增出来。由于单个微卫星位点...
种群遗传结构分析:SSR序列在种群中的分布和频率可以反映种群的遗传结构,有助于了解种群的分化、迁移和杂交等历史过程。 亲缘关系研究:SSR标记具有高度的多态性和共显性,因此可以用于亲缘关系的鉴定和物种进化关系的分析。 作物育种与分子标记辅助选择:在作物育种中,SSR标记可以作为分子标记,用于目标性状的跟踪、基因定位、...
简单重复序列(Simple Sequence Repeat, SSR),又称微卫星序列,指基因组中由1-6个核苷酸组成的串联重复序列,如CACACA……,广泛分布在各种真核生物基因组中。 原理: 微卫星的突变率在不同物种、同一物种的不同位点或同一位点的不同等位基因...
SSR，也被称为微卫星序列，是指在基因组中由1-6个核苷酸组成的串联重复序列，如CACACA……。这种序列在真核生物的基因组中广泛分布。其扩增原理基于微卫星的突变率在不同物种、同一物种的不同位点以及同一位点的不同等位基因间存在的显著差异。尽管微卫星DNA在基因组中的分布位置各异，但其两端的序列往往是非常保守...
SSR是DNA中的简单重复序列,非同源染色体上的SSR重复单位不同,不同品种的同源染色体上的SSR重复次数不同,因此常用于染色体特异性标记。育种工作者发现一株花粉粒数目减少,部分花粉粒败育的突变体玉米,为研究其突变基因的遗传特点,利用玉米3号、4号染色体上特异的SSR进行PCR扩增,亲本、F1和F2的部分突变体SSR电泳分析结果...
根据重复单位长度，串联重复序列包括卫星DNA、微卫星DNA、小卫星DNA等。微卫星DNA又称简单重复序列（SSR），由1-6个核苷酸组成的基本单位重复多次构成，广泛分布于基因组不同位置，长度一般在200 bp以下。微卫星在真核生物基因组中的含量丰富，常随机分布于核DNA中。在植物中，微卫星在拟南芥、玉米、水稻...
SSR是DNA分子中的简单重复序列,非同源染色体上的SSR重复单位不同,不同品种的同源染色体的SSR重复次数不同,常用于染色体特异性标记。研究人员利用X射线诱导野生型拟南芥品系(2n=10)培育出单基因隐性突变品系,让其与野生型杂交获得F1,F1自交获得F2。提取F2突变体中的15株个体的DNA,利用2号、5号染色体上SSR进行PCR扩增...
脚本名称run_ssr.sh 输入文件为fasta序列,非压缩文件 先对fasta序列进行备份儿,加前缀bak_ fasta序列ID部分空格后的内容需要先删掉。 $ cat run_ssr.sh#!/usr/bin/env bashusage(){cat<< EOFFunction: Misa + Primer3Usage: bash `basename $0` <fasta file>e.g. bash `basename $0` test.fastaEOFexit...