NCBI SRA数据库包括以下数据库:SRA(Sequence Read Archive)、GEO(Gene Expression Omnibus)、dbGaP(Database of Genotypes and Phenotypes)、BioProject、BioSample。SRA是主要存储高通量测序数据的数据库,其中包含来自各种测序平台的原始序列数据,可以进行大规模的生物学研究。GEO主要用于存储基因表达和基因谱数据,可以帮助...
GSA的系统建设遵循了国际核酸序列共享联盟(InternationalNucleotide Sequence Database Collaboration,INSDC)的相关标准,并作为INSDC的补充,旨在减轻国际相关数据库数据存贮及数据传输的压力;立足中国,服务全球。 由于中国国际网络出口带宽的瓶颈问题,数据传输效率低下。以中国科学院...
SRA数据库: Sequence Read Archive:隶属NCBI (National Center for Biotechnology Information),它是一个保存大规模平行测序原始数据以及比对信息和元数据 (metadata) 的数据库,所有已发表的文献中高通量测序数据基本都上传至此,方便其他研究者下载及再研究。其中的数据则是通过压缩后以.sra文件格式来保存的,SRA数据库可...
SRA是NCBI中专门用于提交测序结果中原始序列数据的数据库。从测序始祖454到三代测序pacbio,鲜肉平台nanopore的数据都可以提交到这个数据库中。同时,SRA还和(European Bioinformatics Institute)EBI,以及(DNA Database of Japan)DDBJ两个数据库共享数据,即后两个数据库中上传的数据也可以在SRA中检索到。SRA数据库的主要...
第一种方法就是使用NCBI官方提供的软件来下来,这个也是相当的方便可行,只要到官网下载SRA Toolkit软件(该软件是二进制的格式,如下截图,选中对应本版下载到本地解压就可以使用,相当方便),然后就可以下载数据了。 软件准备好了,下面就可以下载数据了: ...
S– NCBI’s SRA database E– EBI’s database D– DDBJ database 第二个字母:固定为"R",代表Read 第三个字母:数据的类型,可以是项目、样本、实验或RUN R– Run X– Experiment S– Sample P– Project / study 2. SRA数据下载 SRA数据下载有多种方式,这里我列了常用的两种方式:1)通过官网提供的 ...
SRA是NCBI中专门用于提交测序结果中原始序列数据的数据库。从测序始祖454到三代测序pacbio,鲜肉平台nanopore的数据都可以提交到这个数据库中。同时,SRA还和(European Bioinformatics Institute)EBI,以及(DNA Database of Japan)DDBJ两个数据库共享数据,即后两个数据库中上传的数据也可以在SRA中检索到。SRA数据库的主要...
该数据库也是International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC) 的一部分。INSDC包含:NCBI Sequence Read Archive (SRA), European Bioinformatics Institute (EBI), 和 DNA Database of Japan (DDBJ)。数据提交给其中任何一个数据库中后,数据都是共享的。
Xiao-jing Xiong, Introduction to NCBI’s SRAdatabase. Metzker ML et al. Sequencing technologies-thenext generation.Nat Rev Genet,2010,11:31-46 Sbumway M et a1.Archiving nextgeneration sequencing data, Nucleic Acids Res,2010,38:D870 - D871 Yuichi Kodama.The sequence read archive:explosive gr...
GEO数据库全称Gene Expression Omnibus database,是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。它创建于2000年,收录了世界各国研究机构提交的大多数高通量基因表达数据,GEO除了二代测序数据,还包含芯片测序、单细胞测序数据。 GEO数据库有四种数据存放类型**GSE数据编号(Series)、GPL数据编号(GEO platform...