图6. 空间转录组测序技术的原理 该论文的通讯作者Joakim Lundeberg也是瑞典Spatial Transcriptomics公司的联合创始人之一,2018年底10X Genomics宣布收购Spatial Transcriptomics,并于2019年发布Visium空间基因表达解决方案(Visium Spatial Gene Expression Solution)。 02、10X Genomics Visium空间转录组技术 1、技术原理 将冰冻组...
Spatial transcriptomics combines high-plex quantification with the spatial resolution of immunohistochemistry. This technology classifies tissue based on total mRNA within the morphological context of FFPE or frozen tissues. Spatial expression mapping is a powerful tool for examining cellular interactions, tiss...
空间转录组技术(spatial transcriptomics)则需要利用常规的原位技术和组学技术两方面的优势。 图3. 单细胞测序技术解决了通量和分辨率的问题 现有的空间转录组技术主要分为两类:一类是基于杂交和成像的方法,例如smFISH,Branched FISH;另一类是基于测序的方法,包括TIVA,ISS,FISSEQ等。smFISH,Branched FISH等靶向方法在...
Spatial transcriptomics technologies are assessed by key metrics, such as resolution of the spatial biology, gene plexity (the number of genes detected), and gene sensitivity (the linear dynamic range of accurate transcript detection). 10x Genomics spatial tools are optimized to provide robust insight...
Michaud M, et al. Early injury landscape in vein harvest by single-cell and spatial transcriptomics. Circ Res 135: 110–134 (2024). doi: 10.1161/CIRCRESAHA.123.323939 立即阅读 Visium和Xenium 双空间平台强强联合 Visium HD分析 高清晰度的全转录组空间发现。
今年3月 Nature子刊《Nature Methods》发表了一篇关于空间转录组学的全面综述:Museum of spatial transcriptomics,作者对1987年以来有关空间转录组学的文献进行了整理回顾,并对该领域的趋势进行了深入分析,如…
Spatial transcriptomics (ST) has filled this gap and has been widely used in respiratory studies. This review focuses on the latest iterative technology of ST in recent years, summarizing how ST can be applied to the physiological and pathological processes of the respiratory system, with emphasis...
这一篇我们继续分享关于空间通讯的内容,今天偷个懒。 10X Visium HD平台已经发布,高精度平台,配套loupe软件,看起来几乎是无敌的,大家可以试一试新的技术。 希望华大可以更新一下自己的平台,能达到10X的水平即可,那样大家不会选择10X的Visium HD。 但是大家选择平台,保证数据质量是前提。
空间转录组学(Spatial Transcriptomics)是在二维平面上定位 mRNA-seq 数据的技术。常规的转录组测序可以揭示 mRNA 的表达信息,但无法获得准确定位;常规的染色显影技术以揭示特定组织区域的分子特征,但不包含准确、完整的 mRNA 表达谱信息。为了弥补这个技术缺憾,在一次实验中同时获取 RNA 的表达信息和 RNA 的空间位置,...
spatial transcriptomicssingle‐cell resolutioncell type identificationdevelopmental lineagescell‐to‐cell interactionssingle‐cell multi‐omicsSUMMARY The plant community lags far behind the animal and human fields concerning the application of single‐cell methodologies. This is primarily due to the challenges...