snRNA-seq 数据集中有两个表皮细胞簇,但在scRNA-seq 数据集中只有一个表皮细胞簇。 图2 基于snRNA-seq数据的拟南芥叶片细胞类型的功能注释 3、snRNA-seq和scRNA-seq转录组的比较 为了进一步评估两种方法之间的差异,将本研究的snRNA-seq和 scRNA-seq 数据以及最近一项研究的 scRNA-seq 转录组数据进行了整合,总共产生...
snRNA-seq 数据集中有两个表皮细胞簇,但在scRNA-seq 数据集中只有一个表皮细胞簇。 图2 基于snRNA-seq数据的拟南芥叶片细胞类型的功能注释 3、snRNA-seq和scRNA-seq转录组的比较 为了进一步评估两种方法之间的差异,将本研究的snRNA-seq和 scRNA-seq 数据以及最近一项研究的 scRNA-seq 转录组数据进行了整合,总共产生...
在CMap数据库上分析AD、PD和MS的潜在治疗药物。 主要结果 1. 多数据集整合揭示了AD、PD和MS的单细胞转录状态 本研究整合了64例患者的人脑snRNA-seq数据集,涵盖了内鼻皮质(EC)、前额皮质(PFC)、中脑和白质,在这些数据集的降维可视化中观察到批效应。应用Harmony集成后,批效应得到了有效缓解,在不同平台或条件下没...
snRNA-seq 数据集中有两个表皮细胞簇,但在scRNA-seq 数据集中只有一个表皮细胞簇。 图2 基于snRNA-seq数据的拟南芥叶片细胞类型的功能注释 3、snRNA-seq和scRNA-seq转录组的比较 为了进一步评估两种方法之间的差异,将本研究的snRNA-seq和 scRNA-seq 数据以及最近一项研究的 scRNA-seq 转录组数据进行了整合,总共产生...
snRNA-seq检测到的mRNA数量小于scRNA-seq 5 Figure 5:单纯通过merge函数进行合并后的亚群 晨曦解读 单纯的合并单细胞数据集(使用scRNA-seq内置的标准化算法是不足以抵消批次效应的)彼此之间并不能得到很好的融合 6 Figure 6:使用CCA算法整合 晨曦解读 经过CCA整合后数据的仍然存在部分的批次效应,经过和以前scRNA-seq...
在目前的研究中, 在肿瘤组织中将 scRNA ‑seq 与 snRNA ‑seq 进行比较 使用 10X Genomics 从 HCC 患者中获得。Seurat 也被用来处理数据 并比较两个测序之间的差异识别不同细胞类型的方法。在目前的研究中, 14,349 个单核和 9,504 个单细胞的转录组 从上述HCC组织中获得。一共 21 个离散细胞簇,包括肝...
1、单细胞水平的RNA-seq数据探究肝脏细胞类型 首先将包括了病毒和非病毒来源的肝细胞癌活检样本、邻近的非肿瘤对照样本和正常肝脏样本的snRNA-seq和scRNAseq的数据集(共22个样本)进行去批次效应处理和整合,然后对整合的数据进行聚类,从而鉴定出8种主要细胞类型,25种细胞亚型。
技术:scRNA-seq、snRNA-seq 导读 肝细胞癌(HCC)是一种常见的原发性肝癌,总生存率低。将非酒精性脂肪肝相关HCC患者的肝癌肿瘤和癌旁组织中生成的肝脏snRNA-seq数据、包括病毒和非病毒来源的癌组织、癌旁组织和正常肝脏样本的肝脏scRNA-seq数据和TCGA数据库和肝癌研究所(LCI)的癌组织和癌旁组织的bulk RNA-seq数据...
图. snRNA-seq 确定新生儿心脏中不同的心肌细胞群 肾脏组织样本的snRNA-seq 2019年,来自华盛顿大学医学院的Benjamin D. Humphreys团队比较分析了肾脏组织的单细胞RNA测序(scRNA-seq)和肾脏组织的单细胞核RNA测序(snRNA-seq)在肾脏细胞类群鉴定中的区别。与scRNA-seq相比, snRNA-seq捕获了多种在scRNA-seq数据集中不...
与scRNA-seq相比，snRNA-seq捕获了多种在scRNA-seq数据集中不存在的肾脏细胞类型，包括肾小球足细胞、系膜细胞和内皮细胞。同时也未检测到应激反应基因。与已发表的scRNA-seq数据集(分别为2.4%和0.12%)相比，snRNA-seq方法产生了20倍以上的足细胞。图. 加上内含子reads，snRNA测序的表现相当于或优...