snRNA-seq 数据集中有两个表皮细胞簇,但在scRNA-seq 数据集中只有一个表皮细胞簇。 图2 基于snRNA-seq数据的拟南芥叶片细胞类型的功能注释 3、snRNA-seq和scRNA-seq转录组的比较 为了进一步评估两种方法之间的差异,将本研究的snRNA-seq和 scRNA-seq 数据以及最近一项研究的 scRNA-seq 转录组数据进行了整合,总共产生...
snRNA-seq 数据集中有两个表皮细胞簇,但在scRNA-seq 数据集中只有一个表皮细胞簇。 图2 基于snRNA-seq数据的拟南芥叶片细胞类型的功能注释 3、snRNA-seq和scRNA-seq转录组的比较 为了进一步评估两种方法之间的差异,将本研究的snRNA-seq和 scRNA-seq 数据以及最近一项研究的 scRNA-seq 转录组数据进行了整合,总共产生...
基于hg19-tss- centric -10 kb-10species数据库,利用pySCENIC (v0.10.0)进行单细胞调节网络推断和聚类(SCENIC)分析。在CMap数据库上分析AD、PD和MS的潜在治疗药物。 主要结果 1. 多数据集整合揭示了AD、PD和MS的单细胞转录状态 本研究整合了64例患者的人脑snRNA-seq数据集,涵盖了内鼻皮质(EC)、前额皮质(PFC)...
在CMap数据库上分析AD、PD和MS的潜在治疗药物。 主要结果 1. 多数据集整合揭示了AD、PD和MS的单细胞转录状态 本研究整合了64例患者的人脑snRNA-seq数据集,涵盖了内鼻皮质(EC)、前额皮质(PFC)、中脑和白质,在这些数据集的降维可视化中观察到批效应。应用Harmony集成后,批效应得到了有效缓解,在不同平台或条件下没...
在目前的研究中, 在肿瘤组织中将 scRNA ‑seq 与 snRNA ‑seq 进行比较 使用 10X Genomics 从 HCC 患者中获得。Seurat 也被用来处理数据 并比较两个测序之间的差异识别不同细胞类型的方法。在目前的研究中, 14,349 个单核和 9,504 个单细胞的转录组 从上述HCC组织中获得。一共 21 个离散细胞簇,包括肝...
与 scRNA-seq 相比,snRNA-seq 捕获了多种在 scRNA-seq 数据集中不存在的肾脏细胞类型,包括肾小球足细胞、系膜细胞和内皮细胞。同时也未检测到应激反应基因。与已发表的 scRNA-seq 数据集(分别为 2.4% 和 0.12%) 相比,snRNA-seq 方法产生了 20 倍以上的足细胞。
技术:scRNA-seq、snRNA-seq 导读 肝细胞癌(HCC)是一种常见的原发性肝癌,总生存率低。将非酒精性脂肪肝相关HCC患者的肝癌肿瘤和癌旁组织中生成的肝脏snRNA-seq数据、包括病毒和非病毒来源的癌组织、癌旁组织和正常肝脏样本的肝脏scRNA-seq数据和TCGA数据库和肝癌研究所(LCI)的癌组织和癌旁组织的bulk RNA-seq数据...
与scRNA-seq相比，snRNA-seq捕获了多种在scRNA-seq数据集中不存在的肾脏细胞类型，包括肾小球足细胞、系膜细胞和内皮细胞。同时也未检测到应激反应基因。与已发表的scRNA-seq数据集(分别为2.4%和0.12%)相比，snRNA-seq方法产生了20倍以上的足细胞。图. 加上内含子reads，snRNA测序的表现相当于或优...
为了解决这个问题,作者求助于可公开访问的“snRNA-seq”数据数据库,在这些数据库中,单个细胞核被分离出来,它们的RNA被测序,提供了细胞在分离时所做的事情的快照。细胞周期经历了不同的阶段,包括生长、DNA合成、分裂特异性生长和有丝分裂,每个阶段都有一...
因此本文采取的方式是使用阴性选择方法去除样本中的neuron与oligodendroglia,间接富集Astro与Micro,再进行snRNA-seq测序。测序数据已经上传到GSE160936。 2、鉴定细胞类型 经数据预处理后,使用AUCell,结合细胞marker基因进行细胞类型注释,如下图所示Astro(52706)与Micro(27592)占大部分 ...