我们在前两期的推文:muscat:专注于多样本多分组的单细胞差异分析;muscat代码实操(一):模拟复杂的 scRNA-seq 数据以及评估不同的差异表达分析方法的性能中,分别介绍了muscat的功能框架以及如何使用muscat模拟复杂的scRNA-seq数据和评估不同的差异表达分析方法的性能。在本期的推文中,我们将深入探讨muscat包的核心功能——...
1. prepSim:准备模拟数据 数据来源:GSE96583;包含8名狼疮患者在IFN-β治疗前后获得的scRNA-seq PBCM数据 #estimate simulation parametersdata(example_sce)table(example_sce$group_id)# ctrl stim# 750 806ref<-prepSim(example_sce,verbose=FALSE)# only samples from `ctrl` group are retainedtable(ref$samp...
单细胞技术的研究近年呈指数级增长,我们以“Single-Cell RNA Sequencing”为关键词检索PubMed可以发现,截止2021年9月份已发表研究论文7200余篇,2021年1月至9月份就发表相关论文2270余篇,已超过2020年全年发表论文总量。 不难想象,今后科研课题组、研究中心中将产生对相关专业人才的极大需求,单细胞分析数据的结果为设计...