snRNA-seq 数据集中有两个表皮细胞簇,但在scRNA-seq 数据集中只有一个表皮细胞簇。 图2 基于snRNA-seq数据的拟南芥叶片细胞类型的功能注释 3、snRNA-seq和scRNA-seq转录组的比较 为了进一步评估两种方法之间的差异,将本研究的snRNA-seq和 scRNA-seq 数据以及最近一项研究的 scRNA-seq 转录组数据进行了整合,总共产生...
snRNA-seq 数据集中有两个表皮细胞簇,但在scRNA-seq 数据集中只有一个表皮细胞簇。 图2 基于snRNA-seq数据的拟南芥叶片细胞类型的功能注释 3、snRNA-seq和scRNA-seq转录组的比较 为了进一步评估两种方法之间的差异,将本研究的snRNA-seq和 scRNA-seq 数据以及最近一项研究的 scRNA-seq 转录组数据进行了整合,总共产生...
技术:scRNA-seq、snRNA-seq 导读 肝细胞癌(HCC)是一种常见的原发性肝癌,总生存率低。将非酒精性脂肪肝相关HCC患者的肝癌肿瘤和癌旁组织中生成的肝脏snRNA-seq数据、包括病毒和非病毒来源的癌组织、癌旁组织和正常肝脏样本的肝脏scRNA-seq数据和TCGA数据库和肝癌研究所(LCI)的癌组织和癌旁组织的bulk RNA-seq数...
它构成了单细胞 RNA 的替代品测序(scRNA-seq)通过分析细胞核而不是整个细胞;但是,是否可以完全替代 HCC 中的 scRNA-seq 仍有待阐明。 在目前的研究中, 在肿瘤组织中将 scRNA ‑seq 与 snRNA ‑seq 进行比较 使用 10X Genomics 从 HCC 患者中获得。Seurat 也被用来处理数据 并比较两个测序之间的差异识别不...
技术:scRNA-seq、snRNA-seq 导读 肝细胞癌(HCC)是一种常见的原发性肝癌,总生存率低。将非酒精性脂肪肝相关HCC患者的肝癌肿瘤和癌旁组织中生成的肝脏snRNA-seq数据、包括病毒和非病毒来源的癌组织、癌旁组织和正常肝脏样本的肝脏scRNA-seq数据和TCGA数据库和肝癌研究所(LCI)的癌组织和癌旁组织的bulk RNA-seq数据...
总的来说,单就snRNA-seq分析部分,除了硬性标准的数据量/工作量,15+的提分点主要在于细胞群鉴定的方法、因细胞群特征而异的补充分析项、以及配套的湿实验验证,进而在发现新的单细胞“pattern”之余,赋予了分析结果更强的临床转化潜力。两篇文章都很值得参考学习。
为了解决这个问题,作者求助于可公开访问的“snRNA-seq”数据数据库,在这些数据库中,单个细胞核被分离出来,它们的RNA被测序,提供了细胞在分离时所做的事情的快照。细胞周期经历了不同的阶段,包括生长、DNA合成、分裂特异性生长和有丝分裂,每个阶段都有一...
scRNA-seq鉴定了10个细胞簇,包括一个人为解离诱导的压力相应基因群,但是未鉴定到肾小球细胞。相反,3种snRNA-seq都鉴定到更加多样性的肾细胞类型,包括肾小球足细胞,系膜细胞和内皮细胞,未检测到压力响应基因;检测到的肾小球足细胞的比例是已知发表的scRNA-seq 数据的20倍(2.4% versus 0.12%)。更出乎意料的是,...
scRNA-seq和snRNA-seq是两种常用的单细胞测序技术,它们在实验设计、样本处理和数据分析等方面存在一些区别。 一、定义和原理: 1.scRNA-seq(Single-cell RNA sequencing)是一种用于测定单个细胞中RNA分子的技术。它通过将单个细胞的RNA转录本进行扩增和测序,从而获得单个细胞的转录组信息。
在植物单细胞分析中，传统方法依赖于细胞壁酶解，但并非所有组织和物种均适用，如高粱。人们关注原生质体生成对转录组的影响，因此核分析逐渐受到重视。我们通过比较拟南芥（被子植物模式）和玉米（单子叶植物模式）的单细胞质（scRNA-seq）与单细胞核转录组（snRNA-seq）数据，来评估细胞核分析的精确性（见...