snpEff是用于注释SNP变异位点的软件，开发基于java，下载与安装在Unix系统下相对简单，解压后包含clinEff和snpEff文件夹，我们使用的是snpEff。软件提供了42789个数据库，用于注释不同物种的基因组，可以下载。例如，针对大麦，运行下载命令。snpEff使用vcf格式文件进行注释，主要提供染色体编号、位置、参照碱基...
SNP位点注释软件是由中国农业科学院深圳农业基因组研究所著作的软件著作,该软件著作登记号为:2020SR0786215,属于分类,想要查询更多关于SNP位点注释软件著作的著作权信息就到天眼查官网!
9:Rank:只有当变异位点位于基因区域时才有值,当变异位点位于基因区域以外(intergenic_region)时,该字段的值为空。该值给出的是变异位点所处的exton/intron和该基因的exon/intron的总数。 10:HGVS.c:在DNA水平上,采用HGVS标准命名的变异位点的情况。 11:HVGS.p:在蛋白质水平上,采用HGVS标准命名的变异位点的情况。
在snpEff.databases中,42789个数据库可供下载,并列出了下载的基因组名、物种及对应的链接。 3. 下载数据库(以大麦为例) java –jar snpEff.jar download Hordeum_vulgare 值得注意的是,由于大麦基因组数据的更新,该数据库也相应有所调整,可以在https://sourceforge.net/projects/snpeff/中下载新的大麦的数据库。
乌苏里貉生长性状SNP位点筛选注释软件是由中国农业科学院特产研究所著作的软件著作,该软件著作登记号为:2023SR0909597,属于分类,想要查询更多关于乌苏里貉生长性状SNP位点筛选注释软件著作的著作权信息就到天眼查官网!
将ecoli.genome:ecoli添加到snpEff.config文件的最后一行 构建数据库 java -Xmx4G -jar snpEff.jar build -gff3 ecoli 在data/ecoli目录下会多出一个snpEffectPredictor.bin文件 对vcf文件进行注释 java -Xmx4G -jar snpEff.jar ecoli vcf_ann_Practice/E_coli_K12.filter.vcf > E_coli_K12.filter.eff...