SNPseq®超高通量SNP分型技术是由上海天昊生物科技有限公司自主专利开发的多重SNP分型专利技术。该技术能在一个检测流程中同时实现300至数千个SNP位点进行分型。该技术基本原理是采用多重PCR对包含有待分型SNP位点的DNA区段富集,通过通用引物PCR扩增构建二代测序上样文库,后通过高通量测序(500~1000×),结合二代...
The high efficiency and low cost of target SNP-seq is more competitive than the current SNP genotyping methods, and it has excellent application prospects in genetic research, as well as in promoting plant breeding processes in the near future....
To facilitate the utility of SNP-based genotyping, we developed a new method called target SNP-seq which combines the advantages of multiplex PCR amplification and high throughput sequencing. Compared with KASP, Microarrays, GBS and other SNP genotyping methods, target SNP-seq is flexible both in ...
接下来，可以通过成人小鼠大脑的单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据集的标签，来对当前数据集中的细胞类型进行...
通过提供多组学数据和QTL信息,整合SNP, DNA甲基化和RNA表达谱的数据,进行两两之间的关联分析,iMETHYL将用作综合参考数据,还将帮助研究人员推断DNA甲基化,基因组变异和基因表达之间的调控机制。 iMETHYL imethyl.iwate-megabank.org 下我们从以下3个方面进行介绍: 01 SEARCH 主页上提供了三种搜索方式,分别是Gene ...
与中等密度SNP-array相比,CNV-seq表现更优。鉴于CNV-seq价格较低,CNV-seq可以替代微阵列芯片用于大片段CNV检测。关于CNV-seq的分辨率取决于滑窗的大小。一般来讲,如果是低倍基因组测序,要使滑窗内的reads数目可信的话,所取的滑窗不可能太小。根据文章2描述,以20kb滑窗大小计算,按照3个点计算,CNV-seq的分辨率...
GATK是一个很全面的工具,不仅可以做DNA-seq的数据分析,也可以用来做RNA-seq的数据分析,此为用GATK做RNA-seq的数据分析(snps和indels)。 1.mappingto the reference. 其中这一步不是用GATK的命令来做,但是GATK有推荐做RNA-seq的软件,GATK推荐的是STAR,为什么选择这个,作者说的很清楚,因为它提高了sensitivity,尤其...
但对短reads仍然不可能做到100%正确，错误率可以控制在在1%以下。测序仪操作不好，测序质量差。注意Illumina的测序仪会谎报Phred quality，故意报高让你以为质量很好。有基因发生重排的现象。某些长链非编码RNA(lncRNA)也带有polyA尾巴，在RNA-seq时也会被测序到。
iMETHYL从近100名志愿者中提取3种类型的细胞,并分别进行WGS, WGBS, RNA_seq测序分析,将最终的数据存储到iMETHYL 数据库中。通过提供CD4 + T淋巴细胞,单核细胞和嗜中性粒细胞的全DNA甲基化(〜2400万个常染色体CpG位点),全基因组(〜900万个单核苷酸变体)和全转录组(> 14000个基因)数据。通过提供多组学数据...
请问RAD-seq测序的SNP结果怎么分析啊，有点搞不懂啊，求大神指点，谢谢！