SNPseq®超高通量SNP分型技术是由上海天昊生物科技有限公司自主专利开发的多重SNP分型专利技术。该技术能在一个检测流程中同时实现300至数千个SNP位点进行分型。该技术基本原理是采用多重PCR对包含有待分型SNP位点的DNA区段富集,通过通用引物PCR扩增构建二代测序上样文库,后通过高通量测序(500~1000×),结合二代...
SNPseq®是由上海天昊生物科技有限公司自主专利开发的多重SNP分型专利技术。该技术能在一个检测流程中同时实现300至数千个SNP位点进行分型。该技术基本原理是采用多重PCR对包含有待分型SNP位点的DNA区段富集,通过通用引物PCR扩增构建二代测序上样文库,最后通过Illumina® Hiseq高通量测序(500~1000X),结合二代测序...
target SNP-seqfruit shapegenetic diversitypopulation structurePeppers are a major vegetable crop worldwide. With the completion of additional genome assemblies, a multitude of single-nucleotide polymorphisms (SNPs) can be utilized for population structure and genetic diversity analysis. In this...
iMETHYL从近100名志愿者中提取3种类型的细胞,并分别进行WGS, WGBS, RNA_seq测序分析,将最终的数据存储到iMETHYL 数据库中。通过提供CD4 + T淋巴细胞,单核细胞和嗜中性粒细胞的全DNA甲基化(〜2400万个常染色体CpG位点),全基因组(〜900万个单核苷酸变体)和全转录组(> 14000个基因)数据。通过提供多组学数据...
To facilitate the utility of SNP-based genotyping, we developed a new method called target SNP-seq which combines the advantages of multiplex PCR amplification and high throughput sequencing. Compared with KASP, Microarrays, GBS and other SNP genotyping methods, target SNP-seq is flexible both in ...
从近100名志愿者中提取3种类型的细胞,并分别进行WGS,WGBS,RNA_seq测序分析,将最终的数据存储到iMETHYL数据库中。iMETHYL整合了SNP, DNA甲基化和RNA表达谱的数据,并进行了两两之间的关联分析。 网址如下: http://imethyl.iwate-megabank.org/index.html ...
与中等密度SNP-array相比,CNV-seq表现更优。鉴于CNV-seq价格较低,CNV-seq可以替代微阵列芯片用于大片段CNV检测。关于CNV-seq的分辨率取决于滑窗的大小。一般来讲,如果是低倍基因组测序,要使滑窗内的reads数目可信的话,所取的滑窗不可能太小。根据文章2描述,以20kb滑窗大小计算,按照3个点计算,CNV-seq的分辨率...
转录组分析RNA SNP calling pipeline1.STAR比对2.picard加头排序标记重复3.SplitNCigarReads4.变异检测HaplotypeCaller5.合并GVCF文件6.GenotypeGVCFs7.提取SNP位点8.硬过滤9.提取pass位点基因差异表达分析Cluster…
摘要 为开发大量的思茅松SNP标记,本研究以思茅松两亲本和100个杂交的Fl代遗传群体为研究对象,利用SLAF-seq测序技术进行测序。选择HaeⅢ酶进行酶切,长度在414~464 bp的酶切片段定义为SLAF标签,然后将每个...展开更多 In this study,the F generation genetic population of two parents and 100 crosses of Pinus ...
SNP Markers Development and Genetic Relationship Analysis of Dendrobium Germplasms Using SLAF-seq Technology CUI Xue-qiang, HUANG Chang-yan, DENG Jie-ling, LI Xian-min, LI Xiu-ling, ZHANG Zi-bin 生物技术通报 . 2023, (6): 141 -148 . DOI: 10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2022-1386 ...