GATK是一个很全面的工具,不仅可以做DNA-seq的数据分析,也可以用来做RNA-seq的数据分析,此为用GATK做RNA-seq的数据分析(snps 和indels)。 1.mapping to the reference. 其中这一步不是用GATK的命令来做,但是GATK有推荐做RNA-seq的软件,GATK推荐的是STAR,为什么选择这个,作者说的很清楚,因为它提高了sensitivity,...
STAR 软件由于其敏感的比对特性,因此在转录组 SNP Calling 过程中使用较多。 1. 下载安装 对于 Ubuntu 系统: 对于Red Hat, CentOS, ...
但是如果需要找新的isoform,或RNA的可变剪切,看外显子使用差异的话,需要TopHat, HISAT2或者是STAR这类工具用于找到剪切位点。 2 RNA-Seq数据比对和DNA-Seq数据比对有什么差异 RNA-Seq不同于DNA-Seq,DNA在转录成mRNA的时候会把内含子部分去掉,所以mRNA反转的cDNA如果比对不到参考序列,会被分开,重新比对一次,判断...
Bowtie 2 通常是比较基因组学的第一步,包括call snp、ChIP-seq、RNA-seq、BS-seq。 1.3Hisat2:Hisat2 是一种快速灵敏的比对程序,用于将下一代测序读数(DNA 和 RNA)映射到人类基因组群以及单个参考基因组,主要用于RNA-seq数据。 这里我选择hisat2做比对数据处理。 2.参考序列的准备 2.1需要准备三个文件: ...
如果有读者仔细看过RNA-seq结题报告,就会发现在定量分析以外通常还会有SNP和INDEL分析。目前,对人类测序数据找突变最常用的软件是GATK,除了速度慢以外,没有其他明显缺点(可以通过部署Spark提高速度;当然,如果有钱,可以购买Sentieon,快了15-20倍)。 和WES不同,RNA-seq对于外显子区域的覆盖度极度不均一,并且由于其数...
对于 Ubuntu 系统：对于Red Hat, CentOS, Fedora 系统：一般使用 2-pass 模式进行比对，获得更准确的剪切信息。步骤如下：生成的 SJ.out.tab 文件为 Tab 分隔符，每一列意义如下：第二步完成后的 bam 文件仍然无法直接用于 GATK 的变异检测，还需要增加一些操作步骤，请参考 GTAK Call SNP/Indel ...
RNA-seq在检测eQTL具有两个主要优势。首先,它可以识别影响转录本处理的变异。其次,杂合性SNP的reads可以比对到母本和父本染色体,从而能够定量个体内的等位基因特异性表达。 3.2DNA甲基化 DNA甲基化和RNA-seq整合,大多数情况下,包括分析DEGs和甲基化模式之间的相关性。在其他建模方法中,已经尝试了一般线性模型,逻辑回归...
转录组测序（RNAseq）：这是当前研究RNA编辑最常用的方法，通过测序RNA分子来研究基因表达和RNA编辑情况。
对RNA-seq 产出的数据进行变异检测分析,与常规重测序的主要区别就在序列比对这一步,因为 RNA-seq 的数据是来自转录本的,比对到参考基因组需要跨越转录剪切位点,所以 RNA-seq 进行变异检测的重点就在于跨剪切位点的精确序列比对。 文献systematic evaluation of spliced alignment programs for RNA-seq data中对 RNA-...
rna-seq数据分析实用方法.pdf,RNA-seq Data Analysis A Practical Approach CHAPMAN HALL/CRC Mathematical and Computational Biology Series Aims and scope: This series aims to capture new developments and summarize what is known over the entire spectrum of mat