12.计算FPKM与TPM,这个值不用于deseq2进行差异表达基因的分析 可变剪切分析-rMATs软件 RNA SNP calling pipeline STAR比对 1 建参考基因组索引 STAR --runThreadN 6 --runMode genomeGenerate \ --genomeDir /home/sll/genome-sheep/Oar_rambouillet_v1.0-STAR \ --genomeFastaFiles GCF_002742125.1_Oar_ramboui...
GATK是一个很全面的工具,不仅可以做DNA-seq的数据分析,也可以用来做RNA-seq的数据分析,此为用GATK做RNA-seq的数据分析(snps和indels)。 1.mappingto the reference. 其中这一步不是用GATK的命令来做,但是GATK有推荐做RNA-seq的软件,GATK推荐的是STAR,为什么选择这个,作者说的很清楚,因为它提高了sensitivity,尤其...
shell=False)proc.wait()proc=subprocess.Popen(['STAR','--twopassMode','Basic','--genomeDir','/data2/Fshare/FastaAndIndex/IWGSC_v1.0_STAR/','--runThreadN','10','--limitSjdbInsertNsj','5000000','--outSAMtype','BAM','SortedByCoordinate','--twopass1readsN','-1','--sjdbOverhang'...
但是如果需要找新的isoform,或RNA的可变剪切,看外显子使用差异的话,需要TopHat, HISAT2或者是STAR这类工具用于找到剪切位点。 2 RNA-Seq数据比对和DNA-Seq数据比对有什么差异 RNA-Seq不同于DNA-Seq,DNA在转录成mRNA的时候会把内含子部分去掉,所以mRNA反转的cDNA如果比对不到参考序列,会被分开,重新比对一次,判断...
如果有读者仔细看过RNA-seq结题报告,就会发现在定量分析以外通常还会有SNP和INDEL分析。目前,对人类测序数据找突变最常用的软件是GATK,除了速度慢以外,没有其他明显缺点(可以通过部署Spark提高速度;当然,如果有钱,可以购买Sentieon,快了15-20倍)。 和WES不同,RNA-seq对于外显子区域的覆盖度极度不均一,并且由于其数...
对于 Ubuntu 系统：对于Red Hat, CentOS, Fedora 系统：一般使用 2-pass 模式进行比对，获得更准确的剪切信息。步骤如下：生成的 SJ.out.tab 文件为 Tab 分隔符，每一列意义如下：第二步完成后的 bam 文件仍然无法直接用于 GATK 的变异检测，还需要增加一些操作步骤，请参考 GTAK Call SNP/Indel ...
这步就是用来对上面call出来的variants进行过滤的,GATK建议过滤掉在35bp范围内出现3个以上的SNP的情况(-window 35 -cluster 3),这个是针对RNA-Seq数据的;还有其他的过滤则跟WGS相同了,过滤掉Fisher Strand values(使用Fisher’s精确检验来检测strand bias而得到的Fhred格式的p值,值越小越好)大于30的,过滤掉Qual ...
对RNA-seq 产出的数据进行变异检测分析,与常规重测序的主要区别就在序列比对这一步,因为 RNA-seq 的数据是来自转录本的,比对到参考基因组需要跨越转录剪切位点,所以 RNA-seq 进行变异检测的重点就在于跨剪切位点的精确序列比对。 文献systematic evaluation of spliced alignment programs for RNA-seq data中对 RNA-...
18and genetic variant discovery. The usefulness of RNA-Seq for efficient single nucleotide polymorphism (SNP) discovery in transcribed genes has been demonstrated in different tissues and species19,20,21. Compared to DNA sequencing, SNPs calling analysis based on RNA-Seq data is remarkably cost-...
转录组测序（RNAseq）：这是当前研究RNA编辑最常用的方法，通过测序RNA分子来研究基因表达和RNA编辑情况。