R语言SNP散点图 r语言plot散点图拟合曲线 library(ggplot2) #载入程辑包 qplot(x, y, data = 数据集) #最为原始和基础的qplot函数,若变量y = NULL(仅有x变量),则默认绘图类型为histogram(直方图),若y非空,则默认绘图类型为point(散点图)。 1. geom参数 qplot(x, y, data = 数据集,
之后输入lead SNP,lead SNP为P值最小SNP,比如上图的rs73062389,上下游各400kb,下文选择参考基因组后其余默认,点击Plot Data即可生成PDF图片。 图形解读 横坐标代表着一段DNA区域,这个区域是怎么确定的,默认的是lead SNP上下游500bp,总共绘制1Mb的区域,可以修改参数绘制更大范围。 图形参数 纵坐标代表着SNP在该GWAS...
CMplot(mydata, plot.type = "d", bin.size = 1e3, col = c("darkgreen", "yellow", "red")) 在此示例中,我们使用read.table()函数读取名为“SNP-new-old.txt”的数据文件。该文件包含染色体上每个数据点的位置和值信息。我们将读取的数据存储在mydata变量中。 接下来,我们调用CMplot()函数。 plot....
安装CMplot包很简单，通过命令install.packages("CMplot")即可完成，前提是你已连接到互联网。安装完成后，用read.table()读取数据，如mydata <- read.table("SNP-new-old.txt", header = TRUE, sep = "\t")。使用CMplot()函数绘制SNP密度图，通过plot.type参数调整图型，如'd'表示密度图。bin...
plot函数用于绘制散点图,transformed_data$position表示x轴坐标,transformed_data$genotype表示y轴坐标。 xlab,ylab和main分别设置x轴标签、y轴标签和图表标题。 保存图片 # 保存图片png("scatter_plot.png")plot(transformed_data$position,transformed_data$genotype,xlab="Position",ylab="Genotype",main="SNP Scatter...
可以通过plotmafSummary函数查看整体统计摘要。 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 plotmafSummary(laml,rmOutlier=TRUE,dashboard=TRUE,titvRaw=TRUE,addStat=NULL,showBarcodes=FALSE,fs=0.8,textSize=0.8,color=NULL,titleSize=c(0.8,0.6),titvColor=NULL,top=10) ...
https://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_SNP_density_by_CMplot_107 2,示例数据 点击图片上方的示例数据,下载,并使用excel打开。 示例数据包括2列: 第1列是染色体名字,绘图时按照从上到下出现的顺序绘制,有几条染色体绘制几条染色体。建议在excel中按照染色体编号排序后再作图。若染色体很多,建议仅挑选常规染...
imageplotpng 参考 收集vcftools所有用法 命令 vcftools --vcf snp.bialles.vcf --SNPdensity 100000 --out StatResults/SNPdensity 100000 是指定窗口长度 --out 是输出文件的前缀 使用R语言中的circlize包画图 参考 用circlize包绘制circos plot 代码 df<-read.table("SNPdensity.snpden",sep="\t",header=T)...
点击Plot association就可以看到这些SNP在染色体上的具体位置的图 相关分析 Variant Annotation用来批量检测多个SNP的基本信息,类似于👆具体一个SNP注释查看的批量操作。 上面的Variant Annotation可以一次性的检索SNP每一个的注释结果。但并没有把结果融合到一起,Block Annotatio...
snp, plot.type="d", bin.size=opt$binsize, col=color, file="pdf", memo=opt$name, file.output=TRUE, verbose=TRUE ) 好了,你也赶快动手试一试吧! 最后祝您科研愉快! 此外,我们在网易云课堂上有各种教学视频,有兴趣可以了解一下: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单...