首先,确保你的项目中引入了支持绘图的库,例如JFreeChart。 importorg.jfree.chart.ChartFactory;importorg.jfree.chart.ChartPanel;importorg.jfree.chart.JFreeChart;importorg.jfree.chart.plot.PlotOrientation;importorg.jfree.data.xy.XYSeries;importorg.jfree.data.xy.XYSeriesCollection;importjavax.swing.*;impo...
snp, plot.type="d", bin.size=opt$binsize, col=color, file="pdf", memo=opt$name, file.output=TRUE, verbose=TRUE)
'help','h',0,"logical","help", 'binsize','s',1,"integer","the size of bin for SNP_density plot, optional.", 'color','c',1,"character"," the colour for the SNP density, separated by ',', optional.", 'name','n',1,"character","add a character to the output file name,...
yangyzh SNP密度分布模式 1. window=100k,step=2k 统计每个window的snp密度,然后用mixtools的normalmixEM(两个组分的混合模型)统计snp的分布模式。 R command: library(mixtools) SNPdensity=read.table("snp.density.file") mixmdl=normalmixEM(SNPdensity) plot(mixmdl,which=2) mixmdl$mu mixmdl$sigma mixmd...
sep='\t') ## gene密度大小转换 gene_density = genomicDensity(bed2,window.size = 1e5) # col_fun = colorRamp2(seq(0, max(gene_density[[4]]),length=11),rev(brewer.pal(11, "RdYlBu"))) cm = ColorMapping(col_fun = col_fun) #绘制坐标 lgd = color_mapping_legend(cm, plot = TRUE...
vcftools --vcf snp.bialles.vcf --SNPdensity 100000 --out StatResults/SNPdensity 100000 是指定窗口长度 --out 是输出文件的前缀 使用R语言中的circlize包画图 参考 用circlize包绘制circos plot 代码 df<-read.table("SNPdensity.snpden",sep="\t",header=T) head(df) df<-df[,c(1,2,4)] colname...
imageplotpng 参考收集vcftools所有用法命令 vcftools --vcf snp.bialles.vcf --SNPdensity 100000 --out StatResults/SNPdensity 100000 是指定窗口长度 --out 是输出文件的前缀使用R语言中的circlize包画图参考用circlize包绘制circos plot 代码 df<-read.table("SNPdensity.snpden",sep="\t",header=T) head(...
plot 出来效果图,非常不好,甚至积分都不是1. 用simulatioon 的normal distribution sample去test,结果依旧disaster,估计结果非常不稳定。 翻出来讲snp的估计方法的那篇paper,发现作者写的很清楚,我自己按照作者的指示,也可以写出polar coordinate transformation的矩阵运算来。自己算一下,跟sas代码里的结果是一致的。所以...
vcftools --vcf snp.bialles.vcf --SNPdensity 100000 --out StatResults/SNPdensity 1. 100000 是指定窗口长度 --out 是输出文件的前缀 使用R语言中的circlize包画图 参考 用circlize包绘制circos plot 代码 AI检测代码解析 ...
(blue) and Tyrol Grey bulls (green) for five ROH length categories; box plots (black) are shown inside the density plots, and horizontal red lines indicate mean values; the left half of each density and box plot was obtained from the 50 k panel data, while the right half was obtained ...