网址:http://grch37.genepipe.ncgm.sinica.edu.tw/variowatch/main.do 输入方式支持dbSNP rs#、基因组位置、碱基序列、疾病、基因 支持GRCh38/hg38, GRCh37/hg19 输出结果有: GeneTableView:Query Range Gene ID Gene Symbol Description Function Tissue Specitficity Disease Subcellular Location Pathway Ontology ...
因为有了比别的芯片平台更长的探针,所以它的检测特异性会更好。 Agilent公司最常卖的人表达谱芯片,是:SurePrint G3 HumanGene Expression v3 8*60K MicroArray Kit。 安捷伦分析表达谱的软件,是GeneSpring软件。 >>> 更多资讯详情请访问蚂蚁淘商城
首先,我们介绍一下 Affymetrix 的(生物芯片的)仪器,目前在售的仪器,主要有4个机型,从小到大,分别是: 1. GeneAtlas 2. GeneChipScanner 3000 7G(简称:7G) 3. GeneChipSystem 3000 DX2(简称:DX2) 4. GeneTitan GeneAtlas 是一个小型系统,它主要可以扫描4张芯片一组的小芯片条。它的特点是:经济、易用。 Gene...
关于SNP注释工具mapGene的用法的说明 mapGene可以用于SNP位点的简单注释，该软件用C++进行编写，具有使用简单、运行速度快的特点。其用法如下：1、准备一个注释数据库。需要一个简单的注释数据库，该数据包括五列：chromosome start end name comments 第一列chromosome是该基因的染色体编号 第二列start是该基因的起始...
采用SPSS22.0统计学软件进行统计分析。呈正态分布的计量指标以均数±标准差(x±s)表示,组间均数比较采用方差分析;计数资料以构成比或率(%)表示,组间比较采用χ2检验。P<0.05为差异具有统计学意义。 结果 一. 病例信息 本研究共纳入...
CMRG）。这些基因具有重要的临床价值，然而由于所处基因组区域较为特殊，短读长序列难以比对。以SMN1基因为例，该基因是脊髓性肌萎缩症的致病基因，最常见的突变是外显子7和8的缺失。从下图可以看出，只有PB HiFi数据可以覆盖相关区域，得出变异检测结果。PB HiFi covers SMN1 gene region when ILMN reads fail ...
分子标记方法对种质资源进行基因分型后,可以借助一系列的数据分析软件对标记基因型进行分析。集思慧远精心推出具有针对性和实用性的“DNA指纹图谱+遗传多样性分析生信培训班”,从DNA分子标记技术出发,贯彻“研究思路→软件应用→数据分析实操→联合应用→图形美化”教学路线,贯穿该领域的研究进展、技术思路和分析流程,“...
-gene:输入包含基因位置的文件。 -vcf:输入包含标记的vcf文件。 -length:设置提取SNP标记的基因上下游范围。 -out:输出文件前缀。 运行完毕后会生成两个输出文件。 输出文件一的第一列表示标记,第二列表示该标记位于哪些基因的上下游。 输出文件二即为位于基因上下游标记的vcf文件。
使用genespring软件处理affymetrix原始文件,并识别SNP(这里只关注SNP)。 结果大概长这样子: 注释结果 其中黄色区域是我自己根据文档添加的,可以在ucsc上验证(见下): SNP A-8575125的参考碱基是C,位置是554484,正确(注意:这里是hg18)。正链,所以Reference allele也是C。
SNP和甲基化数据分析流程及使用的软件如下: 其它的功能类似于PancanQTL数据库,例如点击Cis-meQTLs,Cancer type中选择肺腺癌LUAD(N=448),可以输入SNP ID、Methylation Probe或Gene symbol,比如这里输入EGFR基因,点击search,会显示显著性结果。 结果中我们能够看到多个SNP位点及甲基化探针数据,相关系数以及对应p值,点击...