SNP芯片数据分析 上海敏芯信息科技有限公司 Affymetrix SNP芯片数据分析方案 项目一、基本分析包括:芯片原始数据的处理和基因分型,我们给出有统计意义的SNP列表。描述性统计,如minor allele frequency,Hardy-Weinberg equilibrium等。显著性检验,实验组与对照组的差异,假阳性率(FDR)的计算等。 SNP的关联分析,建立线性...
SNP芯片数据分析46doc AffymetrixSNP您片数据分析方案 项目一、基本分析 包括: 芯片原始数据的处理和基因分型,我们给岀有统计意义的SNP列表。 描述性统汁,如minorallelefrequency,Hardy-Weinbergequilibrium等。 显著性检验,实验组与对照组的差异,假阳性率(FDR)的计算等。 SNP的义联分析,建立线性模型或logistic回归模型...
确定最佳分类所需最少snp重复1000次样本traintest随机将样本等分为n组4515训练交叉证实神经网络模型blindtest结果generankingpca降维取前10个主成分项目七snp芯片与表达谱芯片acgh等其他高通量数据整合snp与表达谱芯片acgh在技术上各有所长 上海敏芯信息科技有限公司 Affymetrix SNP芯片数据分析方案 包括: 芯片原始数据的...
1、affymetrix snp您片数据分析方案项目一、基本分析包括:芯片原始数据的处理和基因分型,我们给岀有统计意义的snp列表。描述性统汁,如 minor allele frequency, hardy-weinberg equilibrium 等。显著性检验,实验组与对照组的差异,假阳性率(fdr)的计算等。snp的义联分析,建立线性模型或logistic回归模型等。(所有的统计...
这篇文章给大家介绍R语言处理基因芯片测序得到的SNP数据的分析是怎样的,内容非常详细,感兴趣的小伙伴们可以参考借鉴,希望对大家能有所帮助。 最终拿到的数据格式如下 image.png 第一列是探针id 第二列是染色体编号 第三类是染色体位置 第四列是第一个样本的基因型 ...
标识码(O S I D ):基于S N P 芯片数据分析不同奶牛场基因组近交系 数及筛选功能性基因 王振宇1,张赛博1,刘文慧1,梁 栋1,任小丽2,闫 磊2,闫跃飞2,高腾云1,张 震2,3*,黄河天1* (1.河南农业大学动物科技学院,郑州450046;2.河南省奶牛生产性能测定中心,郑州450045;3.河南省种业发展中心,郑州450046 ...
Affymetrix SNP 6.0 在分子细胞遗传学领域应用的实验及数据分析 美国昂飞(Affymetrix)公司的基因芯片技术是全球微阵列工业的黄金标准,其主要技术包括SNP芯片,全基因组表达谱芯片(包括传统的3’端表达谱芯片,最新推出了针对全长转录本设计的全转录本表达谱芯片Gene 1.0 ST 和外显子芯片),Tiling芯片等,广泛应用于连锁...
SNP芯片是一种重要的遗传标记。不同于传统的标记法,SNP芯片具有区别度高、用量小、鉴定简便等特点。在奶牛中,SNP芯片可以推测出不同重要基因与产奶量之间的关系,从而帮助农民更好地选择种牛。另外,基于SNP芯片的全基因组关联分析在奶牛育种领域中的应用也取得了不小的成果。 相较于SNP芯片,全测序数据更加详细。全...
【目的】基因组长纯合片段(ROH)是亲代将单倍型基因中同源相同(IBD)的片段遗传给子代,并且在子代的基因组中形成连续性的纯合片段,通过全基因组ROH特征的检测,可以了解种群历史、结构、近交情况。本研究旨在利用奶牛150K SNP芯片数据对河南省7个奶牛场荷斯坦牛进行全基因组ROH检测,计算ROH的长度、频率、数目和分布以及...
SNP芯片数据可以用于精确地计算CNV。我们提供针对SNP芯片的基于CNAG(Copy Number Analyser for GeneChip), dChip(DNA-Chip Analyzer)和CNAT(Chromosome Copy Number Analysis Tool)等算法的CNV计算结果。 项目三、 通过SNP在染色体上的位置,利用寻找SNP可能影响的基因( or EST)。我们也可以对相应基因进行功能的注释(...