SSR 简单重复序列 SSR(Simple Sequence Repeats)是完美的或略不完美的特殊k-mer的串联重复。 1-12bp的简单序列致复称为微卫星.13-500bp的被称为小卫星序列。 人类基因组中最常见的重复序列是:AC/AT/AG 在人类基因组测序的过程中,会出现的一种基本的错误是组装的错误,就是由多拷贝的重复DNA片段或是基因组的...
直观的优势,再构建SNP 分子身份证与SSR 分子身份证联合分析,发挥SNP 标记数量多、全基因组覆盖密集,分型准确的优势,精准划分包含近等基因系的705 份同近源种质资源,区分遗传背景相近的不同种质资源,提高管理的科学性、利用效率和准确性。
微卫星序列(microsatellite)或SSR(simple short repeat)是最具长度变异的基因组序列之一;SNP (single nucleotide polymorphism)是基因组序列中能在种系间稳定遗传的具有多态性的同一位点的单核苷酸.基于这两类序列开发的分子标记是目前最流行的进行生物基因组组装、基因发现、遗传图谱构建、基因功能研究、性状定位和分子育种...
(3)两种标记位点鉴定样品杂合率、亲子关系方面结果是一致的,样品杂合率均介于0.4～0.6之间,平均杂合率分别为0.525和0.514;SNP数据显示符合亲子关系位点百分比介于95.2%一99.9%之间,SSR数据显示符合亲子关系位点介于36～40个之间。综上所述,SSR和SNP两种标记在数据完整性、区分品种能力、位点稳定性等方面差别较小。关键...
代表性种质资源SNP分子身份证 明确了玉米种质资源入库前构建分子身份证及数据库的流程,为吉林省现有玉米种质资源库建立了2 918份种质资源SSR分子身份证和2 502份SNP分子身份证,通过分类整理,核心、同近源、异质和群体4类种质资源分别...
本研究利用转录组测序技术对李府贡枣不同处理果实进行转录组测序和数据组装,通过分析其特征为SSR和SNP标记的开发和利用提供生物信息学基础,同时为枣遗传结构和遗传分化以及构建遗传图谱奠定基础,也将为其功能基因的开发利用、比较基因组学的研究等提供依据。 1材料与方法 1.1研究材料 材料取自安徽省农业科学院园艺研究所...
比较SSR和SNP标记的背景选 择结果,两种标记呈中等程度相关。在回交早代将SSR和SNP标记结合使用进行背景选择,可以实现大群体严选 择,提高选择效率。 关键词:玉米;分子标记辅助背景选择;SSR;SNP 中图分类号:S513.035.3 文献标识码:A ComparisonofSSRandSNPMarkersinMaizeMolecular MarkerAssistedBackgroundSelection SONGWei...
分别制定了玉米种质资源SSR和SNP分子身份证的建设规范。其中,SSR分子身份证由40个SSR位点指纹转化为三位数字和一位字母的编码组合构成,并以二维码形式存储;SNP分子身份证由61 214个SNP位点指纹转化为可视化的条形码。根据样品纯合度和指纹特异性等特征,将样品划分为1 561份核心类、705份同近源类、416份异质类及236...
本文简要综述了国内外近两年微卫星标记(SSR)和单核苷酸多态标记(SNP)在动物育种研究包括遗传多样性,品种鉴定及血缘分析,遗传图谱构建,标记辅助选择中的应用进展,以期为我国畜禽分子育种的深入发展提供借鉴.其中遗传多样性的研究主要是利用SSR,我国对各种畜禽大部分品种群体遗传结构的研究已经趋于完成,这有利于更好的保护和...
基于李府贡枣转录组测序的ＳＳＲ和ＳＮＰ特征分析 周军永ꎬ陆丽娟ꎬ刘㊀茂ꎬ朱淑芳ꎬ仇鹏辉ꎬ孙其宝 (安徽省农业科学院园艺研究所ꎬ安徽合肥２３００３１)㊀㊀摘要:为了简单重复序列(ｓｉｍｐｌｅｓｅｑｕｅｎｃｅｒｅｐｅａｔｓꎬＳＳＲ)和单核苷酸多态性标记(ｓｉｎｇｌｅｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｐｏｌｙｍｏ...