每个SNP在染色体上的分布图,也称为SNP密度图,不同的颜色表示1Mb内包含的SNP个数。 用到的R包CMplot 安装方法:install.packages("CMplot") 数据格式 plink的map格式:11_3203440320344 11_3424990342499 11_5099420509942 11_5381650538165 11_5656380565638 11_6125720612572 11_7226440722644 11_7910660791066 11_813662...
接下来,我们需要对SNP数据进行处理,主要是计算染色体上的SNP密度。 # 代码示例# 这里可以使用pandas库中的groupby函数按照染色体位置进行分组snp_density=snp_data.groupby('chromosome').size() 1. 2. 3. 在这一步中,我们可以根据需要进行数据清洗、筛选或者计算其他相关指标。 绘制密度分布图 最后,我们需要将处理...
一个是包含染色体长度的文件chr_length.txt，格式如下：一个是包含各个基因的起始位置的文件gene_length.txt：然后画图：下面这个方法其实也可以用来画拷贝数变异的密度图，只需要把start和end变成范围即可。
SNP在世界地图上的频率分布 简单介绍两个网页工具,第一个是GGV,其界面如下: 第二个工具是HGDP,个人感觉画出来有点丑。。都是同一所大学开发出来的;界面如下:
SNP面膜加盟投资金额:10-20万元 费用明细 所属行业: 美容养生 >护肤品 企业名称: 艾思芙化妆品(上海)有限公司 加盟人群: 自由创业,在岗投资,毕业 门店总数: 269 品牌关注: 3972 项目收藏: 3972 5844人: 觉得有用 经营范围: 面膜 总部地址 上海市闵行区吴中路1235号9楼A座 门店分布 加盟电话 ...
SNP密度图是一种常用的遗传学数据可视化工具,主要用于直观展示单核苷酸多态性(SNP)在基因组上的分布密度。 通过该图,研究者可以有效地分析SNP在不同染色体或基因组区域的分布规律,进而识别变异热点区域(SNP密度较高的区域)以及低密度或保守区域,从而揭示基因组的结构特征。
我们知道,在正式画图之前有一段数据准备工作,要把数据准备成R包能识别的样子。要画SNP的地理分布图,显而易见,主要使用的数据是SNP及其经纬度。 加载R包并读取数据,查看一下有哪些亚分类。 library(openxlsx) > library(ggplot2) > library(maps) > snp <- read.csv('snp3kvars-LOC_OS06G03810-359476162730042...
画图思路:将有SNP标记画为蓝色火柴杆图,没有SNP标记的用白色火柴杆图覆盖。 数据准备:sheet1为各染色体SNP标记的位置,sheet2为SNP标记对应的蓝色火柴杆图的线高,sheet3为SNP标记对应的白色火柴杆图的线高。 代码如下: ---代码开始了--- [n,b]=xlsread('bar18k MAF.xlsx',1);...
山东省各市人文地图及旅游景点分布图 地理超话#地图# 淄博超话 û收藏 3 评论 ñ8 评论 o p 同时转发到我的微博 按热度 按时间 正在加载,请稍候... Ü 简介: 来看地图 更多a 微关系 他的关注(101) 搬运侠客 angadow MetroData 黑历史打脸bro 他的粉丝(1621) ...
每个SNP在染色体上的分布图,也称为SNP密度图,不同的颜色表示1Mb内包含的SNP个数。 用到的R包CMplot 安装方法: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 AI代码解释 install.packages("CMplot") 数据格式 plink的map格式: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 ...