染色体 SNP名称 物理位置 代码 library(data.table) library(CMplot) map1=fread("re1.map",header=F) head(map1) mm=map1%>%dplyr::select(SNP=2,Chromosome=1,Position=4) head(mm) CMplot(mm,plot.type="d",bin.size=1e6,col=c("darkgreen","yellow","red"), file="tiff",memo="",dpi=300...
每个SNP在染色体上的分布图,也称为SNP密度图,不同的颜色表示1Mb内包含的SNP个数。 用到的R包CMplot 安装方法: install.packages("CMplot") 数据格式 plink的map格式: 11_3203440320344 11_3424990342499 11_5099420509942 11_5381650538165 11_5656380565638 11_6125720612572 11_7226440722644 11_7910660791066 11_81366208...
有两种方法,先看比较简单的一种: library(CMplot)mydata<-read.table("snp_density.csv",header=TRUE,sep=",")head(mydata)# snp chr pos# snp1_1 1 2041# snp1_2 1 2062# snp1_3 1 2190CMplot(mydata,plot.type="d",bin.size=1e6,col=c("darkgreen","yellow","red"),file="jpg",memo=...
也可以只包括三列数据: 染色体 SNP名称 物理位置 代码 代码语言:javascript 复制 library(data.table)library(CMplot)map1=fread("re1.map",header=F)head(map1)mm=map1%>%dplyr::select(SNP=2,Chromosome=1,Position=4)head(mm)CMplot(mm,plot.type="d",bin.size=1e6,col=c("darkgreen","yellow","r...
随风而逝的我0 学前 1 怎么使用R语言分析SNP数据,求大神帮忙。做一个SNP标记在染色体上的分布图。 留学IT硕士 高中 5 擅长c/c++/python/c#/java/r语言 /matlab/php/ 登录百度帐号 扫二维码下载贴吧客户端 下载贴吧APP看高清直播、视频! 贴吧页面意见反馈 违规贴吧举报反馈通道 贴吧违规信息处理公示...