分析smudgeplot:通过观察smudgeplot中污点的分布和热度,可以确定物种的染色体倍性。例如,在四倍体基因组中,如果杂合基因型aaab的比例大于aabb,则认为是异源四倍体;反之,则为同源四倍体。 4. 讨论smudgeplot的优势和局限性 优势: 准确性高:smudgeplot通过利用k-mer数据,能够提供关于物种倍性和杂合性的准确推断。 直观性强...
GenomeScope1.0在2017年发表,用于二倍体物种的基因组调查;2020年又发表了GenomeScope 2.0版本,用于多倍体物种的基因组调查,并发布了用于判断物种倍性的Smudgeplot。 GenomeScope1.0的基因组特征结果包括基因组大小(genome size),杂合度(heterozygosity),重复序列比例,GC含量等; GenomeScope2.0的基因组特征结果包括基因组大小(...
install -C exec/smudgeplot.py /usr/local/bin install -C exec/hetmers /usr/local/bin install -C exec/smudgeplot_plot.R /usr/local/bin install -C exec/centrality_plot.R /usr/local/bin Runing this version on Sacharomyces data Requires ~2.1GB of space andFastKandsmudgeplotinstalled. ...
8. Smudgeplot Smudgeplot是2020年与GenomeScope2.0一起发表的用于估计物种的倍性的软件。开发者计划接下来把Smudgeplot整合进GenomeScope。 8.1. Smudgeplot原理 Smudgeplot从k-mer数据库中提取杂合k-mer对,然后训练杂合k-mer对。 通过比较k-mer对覆盖度的总数(CovA + CovB)和相对覆盖度(CovB / (CovA + CovB)),...
Smudgeplot是与GenomeScope2.0一同发表的软件，用于估计物种的倍性。它通过解析k-mer数据库中的杂合k-mer对，进而统计基因组结构。Smudgeplot依赖于tbenavi1/KMC和GenomeScope2.0，可通过conda进行安装。Smudgeplot使用方式包括kmc命令参数、kmc_tools命令参数与smudgeplot.py命令，生成基本污点图。其结果以图...
ARTICLE https://doi.org/10.1038/s41467-020-14998-3 OPEN GenomeScope 2.0 and Smudgeplot for reference- free profiling of polyploid genomes T. Rhyker Ranallo-Benavidez 1✉, Kamil S. Jaron 2,3 & Michael C. Schatz1,4 An important assessment prior to genome assembly and related analyses is ...
the k-mer spectrum is a major peak. For this reason, GenomeScope 2.0 analyzes a transformed k-mer spectrum (see “GenomeScope Implementation”) in which the heights of higher-order peaks are increased. If the ploidy is still uncertain the user may run our Smudgeplot tool (see “Smudgeplot”...