SMR孟德尔随机化分析主要应用于基因孟德尔随机化（辅助生信分析、基础实验验证）、药靶孟德尔随机化，有些药靶文章会经常看SMR的身影，有些生信文章也会用SMR分析验证自己的结果。做SMR分析首先第一步就要下载好相关软件，选择合适自己电脑系统的软件，例如我们这里是苹果系统就选择苹果系统版本的软件。然后提取自己需要研究...
从大型人口研究中获取的个体基因型数据的广泛可用性,尤其是英国生物银行(UKB),正引发第二波论文热潮,这些论文原则上可以探讨比单独的双样本孟德尔随机化(2SMR)研究更有趣的假设。这促使新方法不断涌现,用于扩展孟德尔随机化分析,这些方法可能成为人群生物学中因果推断的宝贵工具。每种方法都需要额外的假设,超出了常规M...
今天分享一下SMR孟德尔随机化分析,Summary-data-based Mendelian Randomization(SMR),基于汇总数据的孟德尔随机化,应用于基因表达相关的孟德尔随机化分析。SMR孟德尔随机化分析主要应用于基因孟德尔随机化(辅助生信分析、基础实验验证)、药靶孟德尔随机化,有些药靶文章会经常看SMR的身影,有些生信文章也会用SMR分析验证自己的...
SMR(Summary data-based Mendelian Randomization)是一个针对汇总数据的孟德尔随机化方法,可以基于GWAS汇总数据进行因果推断 1. SMR安装和准备 # 下载 $ wget https://yanglab.westlake.edu.cn/software/smr/download/smr_v1.3.1_src.tar.gz $ tar-zxvf smr_v1.3.1_src.tar.gz $ cd smr_v1.3.1_src # ...
今天分享一下SMR孟德尔随机化分析,Summary-data-based Mendelian Randomization(SMR),基于汇总数据的孟德尔随机化,应用于基因表达相关的孟德尔随机化分析。SMR孟德尔随机化分析主要应用于基因孟德尔随机化(辅助生信分析、基础实验验证)、药靶孟德尔随机化,有些药靶文章会经常看SMR的身影,有些生信文章也会用SMR分析验...
孟德尔随机化+SMR +共定位+TCGA数据库验证 (基因eQTL)微信公众号:biowolf_cn, 视频播放量 1、弹幕量 0、点赞数 0、投硬币枚数 0、收藏人数 0、转发人数 0, 视频作者 生信自学网, 作者简介 ,相关视频:GO富集分析生信自学视频教程,单细胞测序数据挖掘视频(GEO数据库/scRNA
文章首先使用基于汇总数据的孟德尔随机化方法(SMR)鉴定精神分裂症风险基因,然后进行了细胞水平和组织水平表达数量性状位点(eQTL)数据的风险基因比较,展示了使用单细胞测序数据的分析可以有效地补充关于精神分裂症风险基因的优势。继而通过表达加权细胞类型富集分析来探索精神分裂症中涉及的脑细胞类型。最后使用STRING构建PPI网络...
SMR孟德尔随机化分析主要应用于基因孟德尔随机化(辅助生信分析、基础实验验证)、药靶孟德尔随机化,有些药靶文章会经常看SMR的身影,有些生信文章也会用SMR分析验证自己的结果。 做SMR分析首先第一步就要下载好相关软件,选择合适自己电脑系统的软件,例如我们这里是苹果系统就选择苹果系统版本的软件。
smr格式besd文件中提取cis-qtls数据并做分析 虽然smr_query_file可以提取出来顺式的qtl数据,但是提取出来后还要改成模板snp的格式,不是很方便,所以下面新增了一个方法,可以批量提取,并且直接进行mr分析。 使用下面的方法,请保证包更到最新,...
要强调的是,这三个格式的文件名要求保持一致,便于后续SMR分析! 然而问题来了,myquery.txt文件又是从何而来的呢? 靶基因的eqtl文件获取 “eQTLGen - cis-eQTLs “输入感兴趣的基因,然后记住基因在哪条染色体上,还有Gene ID比如, “然后, “这个文件1G多,下载以后解压缩,一直到文件名的尾巴分别是besd/epi/esi结...