SMR孟德尔随机化分析主要应用于基因孟德尔随机化（辅助生信分析、基础实验验证）、药靶孟德尔随机化，有些药靶文章会经常看SMR的身影，有些生信文章也会用SMR分析验证自己的结果。做SMR分析首先第一步就要下载好相关软件，选择合适自己电脑系统的软件，例如我们这里是苹果系统就选择苹果系统版本的软件。然后提取自己需要研究...
今天分享一下SMR孟德尔随机化分析,Summary-data-based Mendelian Randomization(SMR),基于汇总数据的孟德尔随机化,应用于基因表达相关的孟德尔随机化分析。SMR孟德尔随机化分析主要应用于基因孟德尔随机化(辅助生信分析、基础实验验证)、药靶孟德尔随机化,有些药靶文章会经常看SMR的身影,有些生信文章也会用SMR分析验证自己的...
SMR孟德尔随机化分析主要应用于基因孟德尔随机化(辅助生信分析、基础实验验证)、药靶孟德尔随机化,有些药靶文章会经常看SMR的身影,有些生信文章也会用SMR分析验证自己的结果。 做SMR分析首先第一步就要下载好相关软件,选择合适自己电脑系统的软件,例如我们这里是苹果系统就选择苹果系统版本的软件。 然后提取自己需要研究...
其中主要研究内容之一为采用three-step SMR methods的方法探究氧化应激相关基因在基因表达水平(expression quantitative trait loci, eQTLs)及甲基化水平(methylation QTLs)上与克罗恩病的关联,并且对mQTL-eQTL进行了整合分析,探究甲基化影响氧化应激相关基因表达的可能机制。 three-step SMR步骤如下: (1)SNPs作为工具变量...
SMR(Summary data-based Mendelian Randomization)是一个针对汇总数据的孟德尔随机化方法,可以基于GWAS汇总数据进行因果推断 1. SMR安装和准备 # 下载 $ wget https://yanglab.westlake.edu.cn/software/smr/download/smr_v1.3.1_src.tar.gz $ tar-zxvf smr_v1.3.1_src.tar.gz ...
“"A1 "应为效应等位基因,"A2 "应为其他等位基因,"freq "应为 "A1 "的频率。 "n "列不会用于 SMR 或 HEIDI 分析,因此如果没有,可以用 "NA "代替。也就是把列名为n的内容赋值为NA,但不能没有n这一列! 有的GWAS数据是从别人的文献中获取的,这个时候就要手动加freq这一列,之前已经介绍过➡ ...
文章首先使用基于汇总数据的孟德尔随机化方法(SMR)鉴定精神分裂症风险基因,然后进行了细胞水平和组织水平表达数量性状位点(eQTL)数据的风险基因比较,展示了使用单细胞测序数据的分析可以有效地补充关于精神分裂症风险基因的优势。继而通过表达加权细胞类型富集分析来探索精神分裂症中涉及的脑细胞类型。最后使用STRING构建PPI网络...
今天分享一下SMR孟德尔随机化分析,Summary-data-based Mendelian Randomization(SMR),基于汇总数据的孟德尔随机化,应用于基因表达相关的孟德尔随机化分析。SMR孟德尔随机化分析主要应用于基因孟德尔随机化(辅助生信分析、基础实验验证)、药靶孟德尔随机化,有些药靶文章会经常看SMR的身影,有些生信文章也会用SMR分析验证自己的...
05.eQTL孟德尔随机化分析【115.多组学eQTL/pQTL 孟德尔随机化、SMR 与共定位分析实战】 682 0 09:57 App 110.cis-eQTL暴露数据批量处理,拿来直接做孟德尔随机化分析【生信私学】 496 0 04:33 App 01.课程简介【4907血浆蛋白双向孟德尔随机化分析】 230 0 13:47 App 04.结局数据准备和转化【芬兰数据,gwas...
smr格式besd文件中提取cis-qtls数据并做分析 虽然smr_query_file可以提取出来顺式的qtl数据,但是提取出来后还要改成模板snp的格式,不是很方便,所以下面新增了一个方法,可以批量提取,并且直接进行mr分析。 使用下面的方法,请保证包更到最新,...