首先利用10x scRNA-seq分析了从小鼠小肠或肠道类器官中分离的53193个EpCAM+上皮细胞,细胞聚类成15个clusters;利用Smart-seq2分析1522个上皮细胞,验证了10x scRNA-seq的数据,并且每个细胞具有更高的覆盖。聚类分析确定了8个簇,与基于10x的聚类一致,但由于细胞数量较少,肠上皮细胞没有更好地区分开。同时文章分析了...
Smart-seq2技术在单细胞水平对带Poly(A)的RNA进行全长转录组扩增及高通量测序,能够满足高灵敏度、低偏好性的cDNA扩增,得到全长转录本,实现高水平的序列模板转换。 Smart-seq2技术有较好的覆盖范围,可检测到稀有转录本,无需额外的专业设备,应用范围较广,可以解决传统 RNA 定量技术在早期胚胎发育、干细胞、癌症、免...
但是Smart-seq2仍然具有独特的优势,并且在GEO数据库中也沉淀了很多优秀的Smart-seq2的单细胞转录组数据集,有时作者并不直接提供表达矩阵,因此,从上游开始获取表达矩阵有时候成为唯一的方法。 但是相比Cellranger,处理Smart-seq2的工具却十分有限,且网上的教程并不详尽,容易引向歧途。 准备 下载相关软件 conda search ...
这次主要练习下游的分析部分,这部分是最重要的,也是核心部分。还有个原因就像课程说的(Smartseq2 scRNA小鼠发育学习笔记-1-前言及上游介绍): smartseq2得到的两个R1、R2都是测序信息,于是它的操作和我们常规bulk转录组是类似的。可以用hisat2+featureCounts进行操作 需要明确的是:文章表明了6个发育时期、4群细胞、2...
我们使用 Tabula Muris最开始释放的数据做为测试数据来完成完整的单细胞数据分析。The Tabula Muris是一个国际合作组织,目的是采用标准方法生成小鼠每个细胞的图谱。建库测序方法包括通量高覆盖率低的10X数据和通量低覆盖率高的FACS筛选+Smartseq2建库技术。
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寻标宝于2024-11-12发布西北农林科技大学4个羊smart-seq2建库测序分析,项目位于陕西省,项目编号null,招标单位西北农林科技大学,中标单位深圳市易基因科技有限公司。寻标宝为您提供陕西省2024年最新的招标采购信息查询服务。
2西北农林科技大学4 个羊smart-seq2 建库测序 分析 采购单位 动物科技学院 采购人 金妙函 成交供应商 深圳市易基因科技有限公司 成交金额 5200元 成交时间 Tue Nov 12 19:55:54 CST 2024 品牌/型号 数量 单价 西北农林科技大学4 个羊smart-seq2 建库测序 分析 / 1 CNY 5200 潜在...
2***大学4 个羊smart-seq2 建库测序 分析 采购单位 *** 采购人 王小龙 成交供应商 *** 成交金额 5200元 成交时间 2024-11-18 15:15:14 品牌/型号 数量 单价 ***大学4 个羊smart-seq2 建库测序 分析 / 1 CNY 5200 附件 招标进度跟踪 2024-11...
Smart-seq2是目前最常用的单细胞转录组技术,最低能够以单个细胞或10pgRNA为模板,通过设计Oligo(dT) VN Primer作为逆转录引物,利用逆转录酶的模板转换(Template-switching)活性,在cDNA的3’端添加一段接头序列,通过该接头序列进行后续PCR扩增,可以获得全长cDNA扩增产物,进行基因表达检测、差异分析、可变剪接、融合基因等...