将会对应课程的全部上游分析第1-4讲这部分和转录组分析很相似,所以也是简单带过 smartseq2得到的文件和10X的不一样,10X的数据虽然也有R1、R2两个数据,但第一个存储的是barcode和UMI信息,而只有第二个才是真正的测序信息,也就是单端测序;而smartseq2得到的两个R1、R2都是测序信息,于是它的操作和我们常规bulk转...
利用Smart-seq2技术对3792个细胞进行单细胞测序,对脑脊液细胞的基因表达情况进行了全面表征。过滤掉低质量细胞后,文章分析了207个正常脑脊液细胞,41个B细胞,41个T细胞。平均每个细胞检测到803个基因表达。聚类分析发现正常淋巴细胞在不同微环境下具有相似的表达谱。正常脑脊液样本未发现B细胞。 图1. 脑脊液循环肿瘤细胞...
有些植物单细胞体积大或者比较长,并不适合10×Genomics平台进行分选,可以借助流式分选或者显微分选出单细胞,之后使用Smart-seq2技术构建单细胞测序文库,可以分析植物特殊细胞形成或者繁殖体形成过程中单个细胞层面基因表达水平的动态变化。 (NelmsB,2019) 三、技术流程 Smart-seq2单细胞测序的基本流程如下所示: 单细胞...
采用Smart-seq2进行单细胞转录组扩增建库;Illumina HiSeq 2000 3M reads /样本进行测序分析。采用PCA(主成分分析)和t-SNE对ILC中847个表达的基因进行分型分析,将细胞分为4类:ILC1、ILC2、ILC3、NK cells。应用SCDE软件包对4类细胞的差异基因进行分析,找出共有及特有差异基因,结果发现,CD127+ILCs中共有的差异基...
工作流程 Smart Fortwo 写下你的评论... 打开知乎App 在「我的页」右上角打开扫一扫 其他扫码方式:微信 下载知乎App 开通机构号 无障碍模式 验证码登录 密码登录 中国+86 其他方式登录 未注册手机验证后自动登录,注册即代表同意《知乎协议》《隐私保护指引》...
smart-seq2流程.png 1.收集细胞 将细胞处理后(胚胎需去除透明带),置于含有RNA酶抑制剂的细胞裂解中,如果不立即进行实验需置于-80℃保存。(细胞处理过程尽量小于30min,避免细胞状态改变) 2.反转录为cDNA(此方法的独特之处,具体细节请看原文) 通过带有oligo-dT的引物特异的抓取含有polyA尾的mRNA,随后进行反转录,当...
Smart-seq2技术能够深入检测细胞内的融合基因、可变剪切、基因位点突变等信息。Smart-seq2的测序流程包括单细胞分离、细胞裂解、RNA反转录、cDNA合成、常规PCR扩增和构建Illumina测序文库。整个过程旨在高效扩增微量细胞样本，提供全面的转录组信息，检测灵敏度高，碱基分辨率可达单碱基水平，实验可控性强。Smart-...
Smart-seq2的建库原理如下: 单细胞分选:Smart-seq使用流式细胞仪进行细胞分选,一次最大分选细胞通量为96个。 Fluorescence Activated Cell Ssorting 细胞裂解:在细胞裂解液中进行细胞裂解。 反转录( 一链合成 ):使用Oligo(dT) primer对带有polyA尾的RNA(主要是mRNA)进行反转录。由于使用了鼠源的反转录酶(Moloney ...
在这些研究中，Smart-seq2能获得更全面的基因表达信息，推动转录调控机制的研究，如前体查找、marker确定以及带poly（A）结果的lncRNA。Smart-seq2基本流程包括单细胞分选与裂解、反转录、模板置换、PCR扩增、文库构建与测序，最后进行生信分析。Smart-seq2对RNA质量要求高，仅适合真核生物。案例解析显示...
图1. Smart-seq2技术流程图[1] 但基于平板的Smart-seq2技术,分析通量低且成本较高,在一定程度上阻碍了其应用。为解决这一问题,该技术的开发者瑞典卡罗林斯卡学院的Rickard团队改进开发了Smart-seq3技术[2],与Smart-seq2相比,Smart-seq3在逆转录过程中引入了分子编码(UMI),使转录本长度增加,灵敏度进一步提高,建...