Smart-seq2的dropout率低于10X,以LT细胞中的HK基因为例Smart-seq2的dropout率也低于10x,表达水平较低的基因具有较低的dropout率(dropout率指的是在测序过程中,由于技术限制或生物学特性,导致某些基因的表达水平被错误地记录为零的现象,dropout率高会导致数据稀疏性,影响后续的数据分析和生物学解释)。在10x中从较少...
另外,可以明显发现基于全长测序方案的 Smart-seq 较 UMI,外显子区域的 reads 更多,其中 smart-seq2 有 48% 的 reads 比对到外显子区域(如下图)。这表明 Smart-seq2(48% reads 比对到外显子)和 Smart-seq(30% reads 比对到外显子)较 UMI 方案(均低于 15% reads 比对到外显子)有更好的测序质量。
另外,可以明显发现基于全长测序方案的 Smart-seq 较 UMI,外显子区域的 reads 更多,其中 smart-seq2 有 48% 的 reads 比对到外显子区域(如下图)。这表明 Smart-seq2(48% reads 比对到外显子)和 Smart-seq(30% reads 比对到外显子)较 UMI 方案(均低于 15% reads 比对到外显子)有更好的测序质量。
Smart-seq2可以测少量的细胞和较多的基因,即如果对少量细胞的更全面的基因表达信息感兴趣,可以选择灵敏性高的Smart-seq2.虽然当下最火热的是10×Genomics的海量单细胞技术,但是在某些…
An easy, scalable, and microfluidics-free workflow makes single-cell RNA-Seq (scRNA-Seq) accessible for more labs View kit Selection Tools Library Prep & Array Kit Selector DesignStudio Custom Assay Designer TruSight Oncology 500 Product Selector NGS Workflow Finder All Selection & Planning Too...
Smart-seq2 单细胞转录组测序通过 SMART 扩增技术对单个细胞中的 mRNA 进行逆转录和 PCR 扩增,结合转座酶建库技术,最终使用高通量测序手段,对单细胞中 mRNA 进行基因表达定量、功能富集、代谢通路等分析。它可以解决传统 RNA 定量技术在早期胚胎发育、干细胞、癌症、免疫等研究领域中存在的样品量极低或细胞异质性的...
Smart-seq: Smart-seq2的前身是Smart-seq,它是首个用于单细胞转录组测序的方法。Smart-seq的提出可以追溯到2012年,它的原理是通过在反转录...
大家好,这是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。今天跟大家介绍一下易基因的新产品:单细胞转录组测序(smart-seq2)。 时下火热的10X Genomics公司Chromium解决方案无法满足某些特殊或者少量细胞样本甚至单细胞转录组研究。Smart-seq2技术在单细胞水平对带P
Smart-seq2是经Smart-seq改进的一种测序方法,也目前最常用的单细胞转录组技术之一。 Smart-seq2 通过设计oligo(dT)VN Primer作为逆转录引物,利用MMLVRT的模板转换活性,在cDNA的3’端添加一段接头序列,通过该接头序列进行反转录,生成cDNA第一条链。当逆转录酶到达mRNA5’末端时,会连续在末端添加几个胞嘧啶(C)残...
大家好,这是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。今天跟大家介绍一下易基因的新产品:单细胞转录组测序(smart-seq2)。时下火热的10X Genomics公司Chromium解决方案无法满足某些特殊或者少量细胞样本甚至单细胞转录组研究。Smart-seq2技术在单细胞水平对带Po