比较项目Smart-seq210x Genomics Chromium 细胞通量低（通常每次96个细胞）高（每次可测数千个细胞）测序...
Smart-seq2技术有较好的覆盖范围,可检测到稀有转录本,无需额外的专业设备,应用范围较广,可以解决传统 RNA 定量技术在早期胚胎发育、干细胞、癌症、免疫等研究领域中存在的样品量极低或细胞异质性的问题,是在单细胞水平研究基因表达强有力的...
正常情况下,大家只需要按需选择10x或者smart-seq2技术平台做单细胞转录组数据即可,如果万一同一时间做了两个技术,有可能是需要整合。恰好看到了2024新鲜出炉的一个文章提到了这一点:《Single-cell RNa-sequencing of virus-specific cellular immune responses in chronic hepatitis B patients》,它使用了Python编程语言的...
Smart-seq是全转录组扩增方法,通过oligo-dT引物和模板切换进行全长cDNA扩增。 Smart-seq2,Quartz-Seq和CEL-seq也被开发用于稳定地测量来自单个细胞的mRNA。 RamDa-seq在单个细胞中检测非聚腺苷酸(non-poly(A))转录本,包括长链非编码RNA和增强子RNA。 Drop-Seq和DroNc-seq是微滴技术,具体操作是油滴中包含细胞/细...
单细胞测序技术包括10x单细胞测序和smart-seq，两者在用途和目的上略有不同。bulk或smart-seq适用于检测差异基因，尤其是在细胞类型相对单一的情况下，smart-seq能提供更可靠和更丰富的基因数据。而10xGenomics则着重于细胞多样性，能检测组织中不同细胞类型的比例和数目变化。在操作上，smart-seq属于低通量...
首先呢,smart-seq2技术依赖于C1这个仪器,每次都是96个细胞一起测序,每个细胞的测序量这个综述可能是写错了,应该是1M-10M为佳,不太可能是100-1000个M,最重要的是它可以覆盖到整个RNA分子的全长测序,每个细胞都是独立的测序,独立的fastq文件哦 。 然后呢,对于10X技术单细胞转录组呢,每次可以测好几千的细胞,每个...
首先呢,smart-seq2技术依赖于C1这个仪器,每次都是96个细胞一起测序,每个细胞的测序量这个综述可能是写错了,应该是1M-10M为佳,不太可能是100-1000个M,最重要的是它可以覆盖到整个RNA分子的全长测序,每个细胞都是独立的测序,独立的fastq文件哦 。 然后呢,对于10X技术单细胞转录组呢,每次可以测好几千的细胞,每个...
10X标准化 counts除以size factor再log2转换,这里用到一个computeSumFactors函数,看来这个函数并没有简单地将每个细胞的文库大小看待成size factor,经过这一步之后,不同细胞间的基因表达便可比了 Smart-Seq2预处理和10X类似 少了丢弃背景噪音和doublets的步骤,确实也没有必要 ...
练习:FACS和10X数据中各有多少细胞有注释信息? 答案: FACS : 54,838 cells; Droplet : 42,193 cells 读入数据 (Smartseq2) 读入逗号分隔的count matrix,存储为数据框: dat = read.delim("FACS/Kidney-counts.csv", sep=",", header=TRUE) dat[1:5,1:5] ...
练习:FACS和10X数据中各有多少细胞有注释信息? 答案: FACS : 54,838 cells; Droplet : 42,193 cells 读入数据 (Smartseq2) 读入逗号分隔的count matrix,存储为数据框: 代码语言:javascript 复制 dat = read.delim("FACS/Kidney-counts.csv", sep=",", header=TRUE) dat[1:5,1:5] 数据库第一列是基因...