比较项目Smart-seq210x Genomics Chromium 细胞通量低（通常每次96个细胞）高（每次可测数千个细胞）测序...
基于10X的数据显示出更严重的dropout问题(dropout是scRNA-Seq数据的一大特点,就是很多基因在某些细胞根本就检测不到表达,但是在另外的细胞却检测为高表达。通常认为这个dropout是因为在文库构建的过程中,有部分基因没有被成功的反转录。),尤其是...
基于10X的数据显示出更严重的dropout问题(dropout是scRNA-Seq数据的一大特点,就是很多基因在某些细胞根本就检测不到表达,但是在另外的细胞却检测为高表达。通常认为这个dropout是因为在文库构建的过程中,有部分基因没有被成功的反转录。),尤其是对于表达水平较低的基因。 10X 技术测序数据由于技术特色在mRNA的3’端有...
1.Smart-seq2: 由于Smart-seq2可以获得全长转录本的信息,因此在数据分析时可以更准确地进行基因表达量的计算和剪接变异的分析。然而,由于样本处理的复杂性,Smart-seq2的数据分析流程相对较为复杂。 2.10X技术: 由于10X技术只能获得转录本的3'端信息,因此在数据分析时需要进行更多的处理,如基因表达量的估计和剪接变...
Smart-seq2的dropout率低于10X，以LT细胞中的HK基因为例Smart-seq2的dropout率也低于10x，表达水平较低...
首先呢,smart-seq2技术依赖于C1这个仪器,每次都是96个细胞一起测序,每个细胞的测序量这个综述可能是写错了,应该是1M-10M为佳,不太可能是100-1000个M,最重要的是它可以覆盖到整个RNA分子的全长测序,每个细胞都是独立的测序,独立的fastq文件哦 。 然后呢,对于10X技术单细胞转录组呢,每次可以测好几千的细胞,每个...
Smart-seq是全转录组扩增方法,通过oligo-dT引物和模板切换进行全长cDNA扩增。 Smart-seq2,Quartz-Seq和CEL-seq也被开发用于稳定地测量来自单个细胞的mRNA。 RamDa-seq在单个细胞中检测非聚腺苷酸(non-poly(A))转录本,包括长链非编码RNA和增强子RNA。
单细胞测序技术包括10x单细胞测序和smart-seq，两者在用途和目的上略有不同。bulk或smart-seq适用于检测差异基因，尤其是在细胞类型相对单一的情况下，smart-seq能提供更可靠和更丰富的基因数据。而10xGenomics则着重于细胞多样性，能检测组织中不同细胞类型的比例和数目变化。在操作上，smart-seq属于低通量...
单细胞转录组:Smart-seq 2还是10x Genomics Chromium? 应用单细胞测序技术研究科学问题越来越普遍,当下应用最火热的是10x Genomics公司的Chromium解决方案(以下简称10X)。但是基于2017年Christoph Ziegenhainet al[1]对6种单细胞转录组技术及2019 Broad研究所的团队对7种单细胞RNA测序方法进行了比较[2],某些特...
Smart-seq2和10x这两个单细胞技术是现在初学者进入单细胞领域最需要掌握的,它们代表着单细胞的两个全然不同的发展策略。 绝大部分的技术原理介绍会从 单细胞悬浮液制备到测序细节面面俱到,其实并不那么的初学者友好。给大家推荐了一个高度精炼的综述,这个综述于2020年9月发表在 《Experimental & Molecular Medicine...